在高官問責制下，以往由政務司長統率的決策局以及財政司長轄下的財金部門，全部改為直屬特首，兩位司長的權力毫無疑問會大幅削弱，而問責制的局長(即一般通稱的部長)多達十一人，舊部門沒有大刀闊斧的裁減合併，意味將來各局長權力分散，沒有一個人能獨擁大權，足以對特首形成「威脅」。
在各個高官中，政務司長的角色最為尷尬。財政司長儘管被削權，但仍有「財政」可理，律政司長和其他局長，亦有他們的專屬職務範圍，分工明確，唯獨政務司長的角色至今尚未明朗，其統率各部的權力已然失去，將來還有什麼「重要工作」可做，實在令人疑惑；說不定政務司長會變成一個「不管部部長」，權力比其他局長還低。
高官問責制無疑是一次政治大換班，將董建華不信任的前港英高官的權柄全部收回。回歸後最初幾年，北京和董建華為了穩定局面，同意讓港英時代的高官集體過渡，但他們對於港英官員的疑慮始終沒有消減，以往董與陳方安生的矛盾就是在這種背景下產生。
陳方安生離任，只屬人事更迭，未足以清除港英舊官的影響力，現在的高官問責制，則在制度上根本改變特區權力架構，除了特首一人之外，沒有任何官員可擁有綜括各決策局的權力，那些所謂「手袋黨」、「港英餘孽」，今後倘不「提早退休」，就要退居「高官」副手，完成董建華的分階段權力轉移計畫。
問責制將權力集中於特首一身，消除政出多門的決策和施政障礙，也許並非壞事，但沒了其他官員的「制衡」，特首本人的智慧和魄力就變得非常重要。董建華過去五年政績不佳，現在連政務司長的權力也「攬上身」，他是否有能力主持大局，實在令人憂心。
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