臺灣中國時報據「亞洲華爾街日報」報導，美軍去年十月在阿富汗發動的反恐戰爭，事實上對中國是一大幫助，因其打散了疆獨在阿富汗的基地，使中國免於被疆獨突襲的困擾，美軍不但擊斃了二十餘名疆獨份子，還逮捕另外三百位，同時迫使約一千名其他的疆獨殘餘份子，逃往巴基斯坦北部與阿國的邊界地帶。
儘管中國和美國在反恐怖戰爭中建立夥伴關係，美國至今沒有交給中國任何一名被俘的分裂主義份子。中國外交部發言人張啟月表示，美國屢次對於中國要求遣返其逮捕的疆獨份子置之不理，表達不滿及遺憾。
新疆自治區黨委書記王樂泉也表示，美中雙方缺乏合作已使中國感覺在國際反恐怖戰爭中處於不重要的夥伴地位。
美國雖稱讚中國在聯合國的合作反恐，並協助打擊蓋達洗錢組織，但對中國企圖利用反恐機會，打擊新疆政治異議份子與宗教份子的作法不以為然。
美國在與中國合作反恐之初，即強調與中方合作沒有暗盤交易，也希望中國不要利用與美國的合作，而借題打擊要求疆獨人士。現在此一事件凸顯華府同北京在反恐怖戰爭中合作的脆弱。美國曾經承認在反恐活動中抓獲數量不詳的中國人。而據北京外交官的說法，其中一人被送到美國在關塔納摩灣的海軍基地。
據中國外交部發言人章啟月的說法，在阿富汗被俘的三百多人都是維吾爾人。維吾爾族是新疆最大的少數民族，有些人已多次發起反抗中國統治的爆炸和暗殺行動。王樂泉說，中國法令不許任何人鼓吹新疆獨立，包括和平手段在內，而國際人權組織說後者引起維吾爾人感到挫折並迫使他們採取暴力。
自從美國在阿富汗發起反恐怖戰爭之後，中國也在國內加強打擊分裂活動，造成進一步緊張。新疆公安廳官員說，今年五月十七日在新疆和闐，一名新疆人在清真寺發表一個小時「聖戰」演講之後，跑到一所學校殺死校長並殺傷另外四人。但在北京的西方外交官引述當地人的說法表示，那個人並不是恐怖份子，而是復仇，那人原來是個學校教師，但在中國清除可疑的維吾爾人運動中，他因為伊斯蘭教過激觀點而被開除。
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