以往每一次中共最高會議，鮑彤都以政治局常委會政治秘書的身份參加。但四月下旬的高層會議，便沒有再通知鮑彤參加。所有文件的起草也不再讓他過目，甚至連閱讀文件的權利也被剝奪，直至五月二十八日將他秘密逮捕。
對於他的秘密逮捕過程，對外界來說一直是一個謎。後來鮑彤自己是這麼說的，「有人以為我是六 四以後被捕的，實際上我是在六四前一個禮拜，五月二十八日就被捕了。當天，有人說，政治局常委叫我去開會，我一去就被送到秦城監獄了。我不知道這是什麼地方，只是想，可能這是秦城吧。我問，這是秦城嗎？回答說，是的。」
「公安人員沒有出示逮捕證。我立即向他們要三個文件，一個文件是黨章，一個文件是憲法，還有一個文件是刑法及刑事訴訟法。他們到三十號給我拿來了上十一號我就寫了一封信，我給中共中央常委寫信，給中共中央政治局寫信上封信我是請當時監獄轉交給一個政治局委員，請他轉交給常委的。這是我到秦城的第一封信，我在這封信裡說，我想不到在三中全會以後的今天，居然出現這樣一個局面。我認為在整個過程當中，犯法的不是我，犯法的是執行法律的那些機構。我說，我想不到我今天受到的待遇不是黨章對待黨員的任何合法的手段，也不是國家法律所規定的對待一個中國公民所應該採取、能夠採取的正常的手段，而是非法的手段。」
「我在秦城裡邊，總共向中共中央常委寫了三封信；這三封信我送上去以後石沉大海。這三封信都指責他們違犯了中華人民共和國憲法，中華人民共和國的刑法，也違犯了他們自己黨的黨章，沒有一個人為他自己做辯護，他們說不出任何理由說我講的哪一句話不是事實。十一屆三中全會以後做了一系列的決定，其中包括黨內政治生活準則，這是中共中央的一個決定，說今後不冉用超越黨章跟超越法律的手段來對待黨員。但是對待我，恰恰採取了這樣的手段。」
「這是一個笑話：當我在監獄裡邊已經呆了三年的時候，才向我出示逮捕證，時間是一九─九二年一月。世界上有哪一個國家出現過這樣的問題？這個人還沒有逮捕，已經在監獄裡面坐了三年牢了，這不可笑嗎？那就是說，當他所謂拿出逮捕證以前，他根本找不到任何逮捕的理由。」
