臺灣中國時報徐尚禮分析稱，新華社文稿雖短，仍強調這次調動經「中共中央批准、中央軍委發布命令」，這是向外界強調，北京調動高級將領是經中共央最高領導胡錦濤及中央軍委主席江澤民一致同意的。刻意化解中共十六大後外界對「槍指揮黨」的疑慮，也就是所謂胡、江之間的矛盾。
徐尚禮認為，如果說這次調動有派系色彩的話，新任海軍司令員張定發為上海吳淞人，可被解讀為江澤民「上海幫」一員，但軍科院帶有胡錦濤「安徽幫」色彩。（軍科院政委溫宗仁上將是安徽人），因而軍科院長張定發重回海軍，兼顧了江、胡二系人馬的平衡。
據中國大陸軍事人士分析，解放軍海軍軍政最高領導雙雙被撤換的直接原因，就是四月間發生的「明級」常規動力潛艦失事，造成艦上七十名官兵死亡。
非正常調動
中國時報徐尚禮報導說，據觀察，這次解放軍高級將領遭撤換而非正常調動，原因之一是，被撤換的石雲生及楊懷慶兩位上將，年紀分別為六十三歲及六十四歲，並不在六十五歲退休年限內。更令外界矚目的是，兩位老海軍都是十五、十六屆中央委員，說明在去年十六大時並未列名於待退高級將領名單內。
其二是，接替海軍軍司令員的張定發中將，現年六十歲，這回是「鹹魚翻生」。原本已從海軍調到軍事科學院當院長，在十五大是中央候補委員，去年十六大還是候補中委。如今以「回馬槍」態勢殺回海軍擔任最高領導。這說明，潛艦失事打亂解放軍海軍高級將領人事安排。
其三、四月間潛艦失事轄區屬於解放軍北海艦隊。在海軍最高領導遭撤換的同時，北海艦隊負責作戰訓練的將領如今也是待罪之身，有消息指北海艦隊司令丁一平中將及潛艦基地司令員、政委，第十二潛艇支隊支隊長將是下一波處分目標。而這次外調張定發任海軍司令員，未就地拔擢海軍副司令員瀋濱義（十六屆中委），但副政委胡彥林卻扶正，意味中共高層對負責海軍指揮作戰及訓練系統將領有較嚴格要求。
北海艦隊失寵
中國時報亓樂義也認為， 此次任免應該和不久前北海艦隊361號潛艦事故有關。接下來，北海艦隊司令員丁一平若中箭下馬，不僅是他個人憾事（未來海軍司令員接班人選），更顯示北海艦隊乃至整個海軍亟待整頓的先兆。
北海艦隊位居解放軍三大艦隊之首，它拱衛渤海、防禦俄日、捍衛京畿，因此性能最好的水面艦和核潛艦都優先部署於此，即使它從未參加任何海戰，長久以來東海和南海艦隊均未能挑戰它「天之驕子」的地位。
但近幾年形勢變了，蘇聯解體，防衛重心從北方逐漸向東南傾斜，北海艦隊除增添「旅滬」、「旅大」級驅逐艦外，已無新的裝備加入。包括俄制「基洛」級潛艦，大型「現代」級驅逐艦，先後配屬東海艦隊應付台海，使得昔日光彩耀眼的北海「大哥」難掩落寞。
要命的是，當中國首艘具備「區域」防空能力的「旅海」級艦推出時，並未配屬在向以水面艦龍頭老大的北海艦隊，反讓南海艦隊拔得頭彩，頂著「護衛南海」的重責大任，硬把北海大哥給比了下去。
遙想三年前，北海艦隊特混編隊以十五晝夜跨洋訪問夏威夷而喧騰一時，不料開放參觀時「漏餡」，美方人員的感覺是中國海軍「太拘謹」不敢交談（可能語言不行），而且只准在甲板上參觀不能入艙，艦身漆得亮麗，裝備卻只有美軍六十年代水平。當時美軍就發現北海艦隊不如預期。
如今361潛艦發生事故，海軍最高首長下臺，顯示該艦很可能是在最不該發生意外時出事，曝露裝備老舊和訓練不實，才株連高層，否則沒有任何理由換掉尚有二年任期的海軍司令員石雲生，可見問題之嚴重需要大刀整頓。
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