迄今，外界對江澤民南巡的最直接感受是，江澤民不在其位而謀其政。據香港媒體報導，江澤民此一行動顯示，江澤民不僅關注軍事問題，似乎也有意繼續發揮在政治上的影響力。
若仔細觀察江澤民與胡錦濤近期的活動，隱約可以發現，江胡之間的政治矛盾似乎並非完全空穴來風。日前即有傳言，胡錦濤批准了江澤民最大的政治對手、前北京市委書記陳希同的保外就醫。陳希同在一九九八年遭判處十六年有期徒刑，其罪名為貪污，也是近年來被唯一一位具政治局委員身份遭判重刑的官員。而當時外界就盛傳，陳希同落馬的主因是強烈反對江澤民的領導。若陳希同保外就醫屬實，則胡錦濤此一動作，似也不乏政治意義。而更早之前，胡錦濤以處理ＳＡＲＳ不力，將江澤民的前個人保健醫生、衛生部部長張文康撤職，亦讓外界有諸多聯想。
其實，由胡錦濤與江澤民的執政作風來看，江胡兩人之間的矛盾逐漸浮現並不會完全令外界意外。只要比較胡錦濤與江澤民今年春節的行程，外界多少可以發現，江澤民重城市的強勢經濟而胡錦濤重農村的弱勢經濟；江澤民關心上層富有階級，而胡錦濤關心下層貧困階級。今年除夕，胡錦濤赴河北壩上農民家裡包水餃，並期望貧困地區的民眾過年都能吃上水餃，就表現出關懷弱勢的胸懷，而江澤民則前往富裕的廣州與深圳度假兼考察，關心的是廣東、深圳與香港的經濟合作。即使以個人作風來看，江澤民喜歡較鋪張的迎送典禮，而胡錦濤一上任即取消了過於張揚的迎送儀式，甚至還取消了夏季的北戴河避暑辦公，也看出兩人間政策與觀念的差異。
同樣的，以江胡兩人提出的政策主軸來看，兩人之間也同樣出現巨大的差異。雖然當前的中共中央接受江澤民的「三個代表」（共產黨要代表先進生產力、先進文化、先進人民生活水平），但胡錦濤更強調他去年初在視察內蒙貧困牧民時提出的「新三民主義」（權為民所用、情為民所系、利為民所謀）的主張。
不過，此次江澤民以中央軍委主席身份南巡並聽取地方大員簡報，引發的最嚴重政治問題還在於，中共黨內高層權力結構明顯出現了多頭馬車的現象，當中央軍委主席直接介入地方經濟工作甚至經濟政策時，將立即衝擊中共第四代領導人的統治權威，也為未來中共高層的權力運作投下了巨大變數。
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