亞洲時報報導,馬英九本來是應香港大學和美國民間組織百人會邀請，計畫從1月11日起在香港訪問三天，並出席研討會。代馬英九申請入境簽證的香港大學4日接獲通知，香港政府無法批出簽證予馬英九，但建議主辦單位將研討會延後至四月。
對於馬英九被拒到港，兩岸三地有不同說法。香港特區政府一名不具名的官員對傳媒透露，是次決定跟馬英九早前公開反對中國制訂反分裂法有關。有關官員又指，現時不是馬英九訪港的適當時間。馬英九去年12月19日公開表示，北京訂定反分裂國家法是「不必要和不明智」。中國大陸十屆全國人大常委會剛於12月29 日表決通過反分裂國家法草案，將該法律案提交今年三月舉行的全國人大審議，完成立法程序。
另外一個坊間流行的說法則認為，馬英九被拒入境，可能是因為去年11月在爭取「亞洲主要城市網」主辦權時，大罵中國大陸政府蠻橫，令中國大陸政府顏面盡失有關。馬英九11月22日表示，中國大陸透過外交關係對其他國家施壓，力阻臺北取得主辦權。最後，大會經投票後，決定由北京奪得2005年主辦權，臺北則取得2006年優先主辦權來平息紛爭。
《中國時報》1月5日引述北京人士稱，馬英九過去一年言行，似乎已偏離一個中國原則，所以要藉此給予馬英九一個警示。消息心士指，共產黨並不在意馬英九的批評，因為共產黨是經得起罵，但卻不能接受馬英九在一個中國原則上搖擺不定的態度。
臺灣總統陳水扁去年12月提出，要為駐外館處爭取正名為「臺灣代表處」，馬英九12月6日表示，若真想為外館正名理應將行動默默地進行，私下與各國協調。有一種意見指，這番言論顯示馬英九也支持正名，只是不同方法而已。
也有一些觀察家指出，香港政府拒發簽證，但建議香港大學將研討會改期在四月舉行，此舉可能與中國大陸在年初都屬政治敏感期有關。今年三月在北京將召開中國全國人大和全國政協兩會，到時會審議反分裂國家法草案。另外，中國新華社公布，仍擔任中國國家軍委主席的江澤民，將在兩會時辭去現時這項唯一擔任的職務，完全退出中國政治舞臺。有評論指出，到四月時中國政治局勢將較為明朗，到時才讓馬英九訪港的風險係數會較低。
這種意見指出，因為香港是新聞自由社會，很難避免記者向馬英九提出有關反分裂法等敏感問題，假如馬英九在香港發表有關兩岸言論時，香港特區政府難免尷尬。香港政府12月才被中國國家主席胡錦濤當面訓示，著令特區班子要「查找不足」，特區官員自然不想在短期再有差錯。
不過，這次事件究竟是否香港特區官員自行揣摩上意，還是向中央請示後得到授意，現階段仍無確切的官方說法，外界也只有繼續猜測下去。
不過，無論是北京抑或是香港特區，都可能沒想到，這次事件有可能反過來幫了馬英九一把。過去馬英九因為香港出生身份，加上2001年曾到港與香港行政長官董建華會面，與香港關係較好，曾被民進黨人士揶揄為「第一屆臺灣特首」、暗指馬英九傾向統一，有「親中共的立場」。透過這次被拒入境，北京反而間接為馬英九洗去與中國大陸關係良好的印象；就連臺灣的行政院，這次也無法不聲援馬英九，為這位政敵背書。
馬英九1月4日對被拒入境表示遺憾，並指若因為自己之前反對反分裂法言論而不獲簽證，香港政府的做法實屬很不智，這與北京希望香港維繫不同體制的一國兩制精神互相矛盾。
香港保安局局長李少光5日以不評論個別事件為理由，拒絕解釋馬英九未獲發入境簽證事件。
邀請馬英九出席研討會的香港大學新聞及傳媒研究中心總監陳婉瑩形容，不給予馬英九簽證是一個「不可思議的決定」。
馬英九原訂1月11日到香港大學，出席「從臺北看華文城市興起」研討會，12日上午出席臺北觀光推廣活動，下午則到香港科技大學與該校師生座談，13日上午出席旅美華人團體「百人會」及演講。
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