國大復決通過修憲案，陳水扁順勢宣布啟動第二階段的憲改工程，並強調此次能廢除國民大會，表示我們已打破過去守舊與僵化的憲政法統迷思，做好全面憲改的準備工作；他希望朝野政黨未來能異中求同，再次合作，完成二次憲改。
陳水扁是在六月七日晚出席民進黨為黨籍國代舉辦的慶功宴上發表談話；出席晚宴的呂秀蓮並盛讚陳水扁是「憲政總工程師」，陳水扁高度肯定民進黨主席蘇貞昌督軍有功，並指稱二次憲改民進黨將扮演更建設性角色，「希望在蘇主席帶領下」，能再下另外一城。
面對朝野關係，陳水扁強調，沒有朝野合作，便不可能跨過高門檻，他特別向國民黨主席連戰與投下支持票的國代致敬，也希望未來朝野各黨能以國家及民眾利益為優先，為了政府良好管理，國家競爭力提升，社會公益的落實，攜手合作，再創憲改成功。
對於蘇進強的批評，總統府官員不願評論，但強調只要如陳水扁所說朝野攜手合作，而非杯葛憲改，那麼二次憲改的推動當然是有極大成功展望。
親民黨發言人謝公秉轉述宋楚瑜對於二次憲改看法指出，宋楚瑜表示，全世界民主國家，總統主要職責是遵守憲法，而非一再毀憲、修憲。總統頻頻主導修憲，並以修憲為職志，有違民主慣例與精神，親民黨反對二階段修憲，也不會加入總統府下設的修憲委員會。宋楚瑜也質疑公投入憲後患無窮，無疑為未來的民粹操弄開了一扇大門。
台聯黨主席蘇進強七日不以為然說：「麥擱騙啊！（台語）」他表示，第一階段修憲已把生機捏死，哪有第二階段憲改的空間？並語帶嘲諷地說，希望民進黨展現他們的天威神力。
蘇進強指出，這次修憲案通過後，制憲及憲法的創製權被剝奪、綁死，面對未來的修憲高門檻，第二階段憲改的空間在哪裡，台聯相當懷疑。
中國時報引述國民黨秘書長林豐正回應表示，國民大會好不容易復決通過修憲案，政府就馬上再提修憲「不切實際」，民意也無共識，政府應該全力拚民生經濟，而非為了政治私利違背民意；現在再談修憲時機不對，國民黨反對立即進行第二階段憲改。
林豐正七日代表黨主席連戰上陽明山，他表示，修憲後政府應該要思考如何弭平朝野裂痕、療傷止痛，共同拚民生經濟、營造朝野和諧，現在修憲人民也不會願意，國民黨「不隨民進黨起舞」。
國民黨中央政策會執行長曾永權也表示，政府現在應該遵守憲法，落實修憲條文，致力配套措施，讓民眾休養生息，而非重啟修憲。國民黨國大主席團主席陳金讓表示，現在憲政運作順暢、沒有困難，當前沒有第二階段憲改的必要，憲法但求其穩定性，政府應該從長計議，優先拚民生經濟。
國民黨發言人張榮恭指出，國大通過修憲案後，所謂法理台獨的可能性劇降，重挫了激進台獨陣營的意圖，顯著提升了台海的安全性與兩岸的穩定性，唯一變數是陳水扁新拋出第二階段憲改的論調，希望扁適可而止，以維護這次修憲的成果。
