8月迎中常委改選
馬英九勝出後，首先面對的就是8月的中常委改選。由於中常會是國民黨權力核心，目前中常委擁王勢力過半，中常委改選勢必將再度上演王馬交鋒，預料雙方陣營都將全力爭取。
黨產問題無法忽視
黨產問題也是馬英九無法忽視的項目，國民黨的黨產包括中投公司、華夏公司、中央黨部大樓，以及木柵「國發院」約兩萬坪土地等四大部分，都有待馬英九處理。另外，國民黨還面臨1,700位黨工的精簡等問題。
縣市長選舉迫眉睫
另一項迫在眉睫的問題是年底縣市長選舉，據馬英九評估，目前泛藍執政縣市，絕大多數都能連任。其他例如臺北縣，有機會結束16年來的民進黨執政，高雄縣等縣、嘉義市甚至臺南市，泛藍都有機會贏得執政權。如何落實這樣的評估，相當受到關注。
泛藍整合十分艱鉅
連戰時代無法完成的泛藍整合問題，也留待馬英九努力。馬英九曾表示，選後一定會拜訪親民黨主席宋楚瑜。不過宋楚瑜已赴美，「宋馬會」短期無法實現。馬英九如何整合泛藍，是一項艱鉅工程。
與阿扁互動受關注
如何和民進黨政府互動，也備受關注。馬英九說，不會主動和陳水扁見面，因為朝野互動不應由在野黨發動。至於制衡民進黨，他認為，「國會」與街頭運動應交互運用，在不違反憲法、法律、民意的前提下，在「國會」中與友黨商量好策略，齊力制衡；街頭運動應謀定而後動、能發能收。
兩岸關係馬願親訪
馬英九說，未來市長任期結束後，若有必要、有利於臺灣，他願前往大陸訪問。但馬英九前不久對大陸通過《反國家分裂法》等事件的強烈反彈，讓人們對他如何處理兩岸關係更加關注。
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