艇和6艘S級小型潛艇。而日本海軍起碼有60艘主力潛艇，其中有46艘I級大型潛艇和14艘RO級中型潛艇。從數量上看，美軍潛艇明顯處於劣勢，而且，由於美軍潛艇裝備的魚雷技術性能差，其在質量上也不佔優。
接到命令後，1941年12月11日，太平洋艦隊的「鮈魚」號潛艇離開珍珠港，率先進入戰鬥巡航狀態。「綠鱈」號和「潛水者」號也在幾天後出發，並於1942年1月初到達日本附近海域。
1月底，一直在耐心等待機會的「鮈魚」號盯上了日軍的I-173號潛艇，並趁其不備用3枚魚雷將其擊沉。這算是個開門紅。而此時，亞洲艦隊則正飽受日本轟炸機群的密集轟炸。迫不得已，將領麥克阿瑟命令駐守菲律賓的大多數水面艦艇撤退到爪哇，只留潛艇部隊在海軍上校威爾克斯的指揮下駐守甲米地基地。威爾克斯在環繞呂宋島防禦警戒線部署了28艘潛艇，但並未對日軍入侵菲律賓造成多大威脅。這些潛艇對日軍戰艦、運輸兵船、貨船發動了31次攻擊，發射魚雷66 枚，卻僅擊沉了3艘貨船。1941年聖誕節時，即將彈盡糧絕的亞洲艦隊潛艇無奈向爪哇島的蘇臘巴亞港口退卻。
苦消耗扭轉劣勢
稍作休整後，1941年初，亞洲艦隊潛艇再次出動，承擔起建立從蘇門答臘經爪哇延伸到帝汶島的島嶼連線上的「馬來屏障」的任務。在此行動中，它們擊沉了8艘日軍艦船，其中包括1艘驅逐艦，但己方也損失了3艘潛艇。這一行動收效甚微，沒能有效減緩日本的進攻。而隨著盟軍聯合艦隊在爪哇海戰中失利，蘇臘巴亞港也岌岌可危。亞洲艦隊潛艇只好移師澳大利亞的弗里曼特爾。
5月，海軍少將洛克伍德接替威爾克斯上任後，把這支潛艇部隊編入了西南太平洋艦隊潛艇部隊。而隨著太平洋戰線不斷拉長，日本海軍越來越力不從心。太平洋戰場上的戰略主動權逐漸被美軍控制。8月10日上午，陳舊的美軍S-44小型潛艇發現日軍重型巡洋艦編隊後，冒險攻擊，竟導致日軍「加古」號重型巡洋艦因鍋爐爆炸而沉沒。此舉極大地鼓舞了美軍的士氣。經過一年的苦苦消耗作戰，到1943年，美軍潛艇部隊的實力大為增強，不但潛艇數量增加了66艘，而且隨著「馬克」-18新型電動魚雷的研製成功，美軍潛艇的裝備質量也大大提升。此後，美軍潛艇便逐漸扭轉了戰爭初期的不利局面，開始對日軍發動襲擊。
1943年，美軍潛艇共進行了1000餘次襲擊，發射了4000枚魚雷，擊沉300艘日軍艦船，共計180萬噸。由於日本當年只建造了80萬噸新船，這樣一來，日本的船舶噸位總數便減少了100萬噸。
出奇兵各自為戰
1944年初，美國在太平洋部署了123艘潛艇，基本佔據了戰場主動。不甘失敗的日本海軍拚死發起反擊行動。這種以卵擊石的瘋狂舉動正中美軍下懷，也成就了美軍潛艇部隊的威名。洛克伍德根據日艦活動規律，果斷打破潛艇作戰慣例，下令各潛艇可以相對獨立作戰，允許先向敵艦攻擊後再向他報告。這一靈活戰術很快取得了成效。
5月31日，在塞班島附近海域游弋的美軍「銀魚」號潛艇發現了一支日軍護航船隊，遂向正在附近巡邏的綽號「布萊爾(專題，圖庫)爆破隊」的美軍「狼群」報告。當「銀魚」號和「布萊爾爆破隊」會合時，又有兩支日軍護航船隊出現。美軍大喜過望，隨即發起攻擊。6月1日凌晨，「大青花魚」號擊中了日軍第一支護航船隊的一艘貨船。而「鯊魚」號則在6月2日和6月4日各擊沉一艘敵船。6月5日，「鯊魚」號又擊沉了兩艘艦艇。6月5日夜裡，「大青花魚」號又擊沉了兩艘敵艦。這些打擊使前來增援的日軍損失過半。
6月初，負責運送英國特工諜報組的美國「鯔魚」號潛艇在其航行過程中，順手擊沉了日軍3艘驅逐艦，還至少重創了2艘，創造了一項非凡的記錄。6月10 日上午，正在巡邏的「鯔魚」號又發現了日軍宇垣將軍的戰列艦編隊出港趕赴菲律賓海，馬上利用無線電將敵艦隊活動情況報告了盟軍指揮部。盟軍決定集中大量潛艇，給予其毀滅性打擊。在菲律賓海附近海域，「大青花魚」號潛艇發現日本的「大鳳」號航母后，隨即果斷攻擊，將其擊沉。在「大鳳」號傾覆3個小時後，悄無聲息的「棘鰭」號又向日軍「翔鶴」號航母發射了3枚魚雷，並將它送入了海底。11月，被日軍視為「寶貝」的「金剛」號戰列艦被美軍潛艇擊沉。僅僅一週後，處女航僅僅進行了17個小時的日軍「信濃」號航母也被美軍「射手魚」號潛艇擊沉，創造了一個最短命航母的世界記錄。
斷「糧草」促敵滅亡
俗話說，「兵馬未動，糧草先行」，尤其在海戰中，運輸供應是否暢通直接關係到戰爭勝負。在太平洋戰場的較量中，美軍不斷出動潛艇攻擊日軍的運輸貨船，逐漸切斷了日軍的「糧草」供應，在很大程度上加速了日寇的滅亡進程。
在1942年春季以前，日本的船隻都是單獨航行不需要護航。但是珍珠港事件後，由於美軍下令潛艇可以無限制攻擊敵軍的任何艦船，日本被迫建立起護航船隊，而且規模不斷擴大。
美軍採用「狼群」戰術攻擊敵運輸船隻，被擊沉的日軍艦船與日俱增。更讓日軍想不到的是，美軍成功破譯了專供日本商船使用的代號「瑪魯」的密碼。日本航運指揮官用這種密碼指揮船隊，請示前進路線、目的地和每日中午的位置。這種無比重要的情報來源經過太平洋潛艇司令部分別傳到了潛艇指揮官的手中，極大地提高了發現和擊沉日軍船隊的準確性。在美軍潛艇的沈重打擊下，日本與南方資源區的聯繫逐漸被完全切斷了。1945年，9艘美軍潛艇又成功滲透進入日本海，先後擊沉了日軍I-122號潛艇和28艘商船，總噸位達到5.5萬噸。
據統計，在整個二戰期間，美軍潛艇共擊沉日軍1113艘50噸以上的商船，另外還有65艘估計也被擊沉，總噸位超過532萬噸。
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