到了19世紀後期，「北洋」、「南洋」則是當時中國科學進步的啟明燈。北洋大學堂誕生不久，天津義和團，此後又是八國聯軍入侵，其發展受到一定影響。南洋公學則由於地處人文薈萃的上海租界，一直致力工業救國，發展更好一些，因此是本世紀二十代前中國最好的大學。
後來北京大學成為中國當時最有名的大學。特別是人文方面更是無人能望其項背，但當時的北大理工科還很差。理工科還是「南洋」、「北洋」強。「南洋」於1921年並入唐山、北京兩校後，改稱交通大學，是當時最好的理工學府。「北洋」即後來的天津大學，理工科也十分強勁。但南洋、北洋雖有理、工、管，但缺乏文科，還不是綜合大學。
20年代中期，北伐成功，國民黨定都南京，國內形勢趨向穩定，中國大學也迎來了發展的新時期。國民黨四處收集人才開始組建中央大學，想將之建為國民政府的最高學府，到了30年代，學科門類最齊全的中央大學終於建成。清華大學也於20年代崛起，由於清華前身是留美預備學校，起點好，因此，較短時間就發展成為中國最好的大學之一，文、理、工都有很強的實力。北京大學則改名為北平大學，由於蔡元培的離去和全國重心的南移，有些衰落。張伯芩和範嚴孫在天津創辦了私立的南開大學，發展也很快。同濟大學成為有名的理、工、醫大學，此外，全國有名的大學還有東吳大學、中山大學、武漢大學、山東大學、廈門大學、浙江大學、聖約翰大學、燕京大學等。
總的看，20年代中期到抗日戰爭前，中國最好的大學是中央大學、交通大學、清華大學和北平大學。除四強外，再下來就是北洋、東吳、同濟、浙大、南開、山大、復旦等。
抗日戰爭爆發後，各大學開始內遷。清華、北平、南開遷到昆明組成了西南聯合大學；中大和交大遷到陪都重慶；浙大遷到貴州。西南聯大合聚三校之力，無疑是當時全國最好的大學，名師璀璨，學生優異，也可以說是當時世界的名校。中大和交大內遷重慶，但在南京和上海都留下偽中大和偽交大，從而使其實力大受影響，無法與西南聯大比肩。浙大則創造了一個神話，在竺可楨帶領下，在戰火中成長壯大，一舉成為當時最好的大學之一，這也是浙大學子最為驕傲的時期。抗日戰爭期間，西南聯大一枝獨秀，中大、交大、浙大則不相上下。
抗戰勝利後，各校遷回舊址，開始了新的發展。清華在西南聯大時期又招集了一批名師，分校後更加強大，中大和交大也開始恢復元氣，浙大繼續保持良好發展勢頭，北平大學則停滯不前甚至有些不如燕京大學，南開從私立成為國立大學後得到了很大的發展，經過西南聯大時期也更為有名。抗戰到1949年中共建政，中國最好的大學則是清華、中大、交大、浙大。其次是北平大學、同濟大學、南開大學、東吳大學、武漢大學、燕京大學等。
1949年後，共產黨進行了院校調整，學習蘇聯單科大學模式，南京以中大和金陵大學為主被肢解組合成幾個大學，面目全非，南京大學和東南大學為主要繼承者。交大理科、管理被拆到復旦等校成為純工科大學，唐山、北方兩交大也相繼獨立。浙大按理、工、農拆成幾部分，理科主要並入了復旦。清華也調整為純工科大學，北大和復旦則是院校調整的最大受益者，特別是復旦一舉成為全國頂尖大學。清華、交大等校還支援東北建立起了專門學習蘇聯的哈工大和哈軍工。可以說1952年的院校調整中大、浙大和交大是最大的受害者，清華文理被調到北大，工科完整保留並有所加強。南開和天大也進行文理工的組合。因此60年代文革前中國最好的大學是北京大學、清華大學、復旦大學、中國科技大學這四所。
「文革」期間，高校停止招生，教師被迫害，高校成為批鬥的場所，科研教學受到嚴重影響。
