民主黨參議員大江康弘首先指出，臺灣是最理解日本的友好國家，但從馬主席一貫對釣魚臺的立場與對靖國神社的言論，將來如果國民黨再度獲得政權，臺灣可能會變成反日、甚至抗日的國家，這是各界所擔心的。大江康弘又說，民進黨與國民黨的對立大，特別是中國政策的主張差異最大，使日本不知道怎麼樣和臺灣交往。
馬英九回答指出，兩黨統一對中政策是非常困難的，國民黨與民進黨的最大差異就是中國政策，如國民黨主張直航，民進黨反對。
接著發言的無黨派眾議員西村真悟更直言，「尖閣列島（釣魚臺列島）是日本的領土」。前防衛廳長官石破茂也質疑，東亞情勢日漸緊迫，臺灣的自我防衛無比重要，軍購案遲遲無法通過，是什麼道理。
馬英九回答，有關釣魚臺、靖國神社問題，「我們確實有些看法，這種看法不會改變」；但他強調，這些不同的看法不會影響臺日交往，因為兩國之間不可能在所有立場上看法都一致，應該透過接觸、協商擴大看法相同的部分，縮小看法不同的部分，才是最有效增進友誼的辦法。
有關台獨，馬英九說，「臺灣目前是在中華民國的管轄下，並沒有獨立的問題，從一九一二年開始一直是主權獨立國家，是一九五二年和日本簽訂和約，一九七二年和日本斷交的國家」。「日本和中國建交三十四年，並未認同中國的政治和經濟理念，國民黨和中國改善關係也不會放棄自己的基本價值」。
此外，日華懇會長平沼赳夫在會中強調臺日關係的重要性，他重申日華懇將繼續努力增進雙邊交流，促成臺灣實現以觀察員參加世界衛生大會及臺灣觀光客在日本使用國際駕照。
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