1948年4月16日，經過近2年的審理工作，遠東國際軍事法庭首席法官韋伯宣布庭審工作結束。此時的28名戰犯，除松岡洋右和永野修身因病死亡，大川周明發瘋外，還剩25人。經過日夜磋商和磨合，眾法官認可了死刑，並以6票贊成，5票反對通過了對7名戰犯處以絞刑的決議。
1948年12月22日午夜23時30分，在遠東國際軍事法庭判上被處以絞刑的7個戰犯由美國憲兵押送到一個小佛堂裡，在由牧師做過懺悔之後押進了巢鴨監獄內的行刑屋裡。在那裡，七人吃過最後的晚餐後被驗明正身，送上絞刑臺。他們分作兩批，第一批為東條英機、土肥原賢二、松井石根。在走上13級台階的行刑臺之後，東條英機提議在松井石根帶領下三呼「天皇陛下萬歲」。這是法西斯分子最後的哀鳴。隨後絞刑執行，他們的頭被黑布罩蒙上，接著絞索套在了他們的脖子上。此時，盟國管制日本委員會的中、美、英、蘇的代表到現場監刑(其中中國代表為商震)。總行刑官向監刑官報告準備工作就緒之後，隨即發布了行刑命令。這時，戰犯腳底的活門突然彈開，戰犯掉落空中，絞索繃直——很快絞索劇烈地抽動，底下傳出呻吟聲。幾分鐘後，由美蘇兩名法醫帶著聽診器走到刑臺後方，確認四人已經死亡。接著是第二批三名戰犯。在行刑工作結束後，七名甲級戰犯的屍體被秘密運送到橫濱市西區久保山火葬場焚化。為了不給軍國主義分子留下任何可紀念的遺物，屍體焚化後的骨灰被美國軍艦運送到100海浬以外的大海中拋棄。
遠東國際軍事法庭由開庭到執行前後持續2年半，公開庭審818次，秘審131次，受理各類文件證據4330件，證人證詞1194件。公審作出56件裁定，法官內部會議作出175件裁定。審判記錄共48412頁，判決書1200多頁，工作耗資達750萬美元。
雖然東京國際軍事法庭受到了當時國際政治環境的影響，自身的缺陷導致審理過程存在諸多不足，一大批戰犯以各種方式逃脫了正義的審判。但是這畢竟是一次根據國際公約、慣例和協議對戰犯進行的合法合理的審判。它正式判定了侵略戰爭本身的犯罪性質，昭彰了戰爭和戰犯的罪惡，懲處了一批罪大惡極者。它以實踐的模式，把以往的國際公約以法律形式予以固定，成為國際上確認戰爭責任、懲治戰爭罪犯的普遍準則。這對於維護世界和平有著深刻的意義。同時，作為受日本侵略的最大受害國中國來說，東京審判以無可辯駁的證據還原了歷史真相，還中國和中國人民以公道，一血前恥。
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