■ 功能性囊腫
有些時候，不知道是什麼原因，卵巢在某一個週期不排卵，而使得濾泡持續增大，通常大到2.5公分以上時，就有人稱之為囊狀濾泡。大到3.5公分以上，則稱之為濾泡囊腫，不過這樣的分類在臨床上沒有多大的意義，因為濾泡囊腫有時甚至可以大到10公分，而由於都是良性，處理方法都是觀察一陣子再看看。
如果有排卵，則正常本來就會形成一個黃體，但有時不知何故，黃體內部出血並形成囊腫異常長大，變成黃體囊腫，常常大到四、五公分左右，有時也可以大到七、八公分以上。
鄭丞傑 醫師表示針對濾泡囊腫和黃體囊腫的處理，觀察是最好的辦法，通常過幾天到兩週左右，大部分會自動消失，因此婦產科醫師都會告訴患者，月經一結束就再來照一次超音波，如果一點都沒縮小，才考慮是非功能性囊腫。一般而言，如果是會消失的，在兩個月經週期，亦即八週之內都會消失，不必打針吃藥，月經過後再看一次超音波就對了。
有趣的是，黃體囊腫有時會意外在性交中被撞破，而引發內出血及劇烈的下腹痛，這種情形通常發生在下次月經將來之前十天之內，激烈的性行為之後(大都有性高潮)，這時候超音波檢查會看見有內出血，但妊娠試驗是陰性，而月經也沒有過期不來，所以不是子宮外孕。處理的方法還是先觀察，如果血紅素持續下降，可用腹腔鏡手術止血，如已自然止血，則不必積極介入治療。
卵囊黃體囊腫來自於妊娠荷爾蒙hCG對卵巢的過度刺激，常見於使用排卵藥，以及葡萄胎、絨毛膜癌的時候，超音波檢查可以協助判斷，不過囊腫本身還是良性的。
妊娠黃體瘤常常是在剖腹產時被意外發現的，有實心部分，亦即不是只含液體的「水瘤」，不過這仍屬功能性囊腫，產後會自動消失。
多囊性卵巢( PCO)其實不是個腫瘤，只是卵巢比一般大，且內含許多小於1公分的小囊泡，它合併的問題是肥胖、不孕、稀發性月經等，如果不加以理會，長期下來容易引發子宮內膜增生及子宮內膜癌。
功能性的囊腫，除非發生扭轉或破裂，否則大都沒有症狀，或者只有一點下腹不適、腹脹等。一般而言，如果大於8公分，而且觀察一兩個月都不縮小或消失，可用腹腔鏡手術摘除之，如果發生扭轉或破裂，只要生命跡象穩定，仍可使用腹腔鏡處理，否則開腹手術也相當簡單。
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