不過指甲周圍泛紅，不一定就是甲溝炎，一些自體免疫性疾病，如紅斑性狼瘡、全身性硬皮症及皮肌炎等，都會導致甲溝的血管擴張而發紅，需要即早檢查及切片、抽血化驗。更可怕的是致命的惡性黑色素癌，也可能以頑固性甲溝炎來表現，稍一不慎即錯失治療時機。
急性甲溝炎的處理較為容易，蔡呈芳 醫師表示只要早期給予抗生素即可，如果膿已經形成，則以小針頭將膿戳破，疼痛立即就明顯改善，但有時就診較慢，讓細菌由旁甲溝向內進入甲床下方，則可能導致指甲的脫落。至於慢性甲溝炎的處理，則較為複雜，除了以水劑的類固醇搭配抗黴菌劑、殺菌劑外，急性發作時可依細菌培養另加抗生素治療，但因為這些細菌有時只是伺機性存在，並非主凶，因此有些細菌可以不加治療。使用外用殺菌劑或抗黴菌劑治療時，往往需持續治療至少三至四個月，在治療期間應盡量保持手部乾燥，做家事宜戴手套，但應避免戴著橡皮手套在熱水中太久，否則汗水的刺激，可能反而會使甲溝炎惡化。
此外即使是生鮮水果如柑橘類、番茄也要避免手部接觸。如果真要碰水，又不方便戴手套時，則可以嘗試以凡士林塗在甲溝，以防止水性刺激物進入。如果患者手部有其他皮膚病，也要一併治療手部皮膚病。在手部保養上，勿自行以牙籤等物清除甲溝，或修剪甲皮，而造成進一步傷害。對於頑固肥厚型慢性甲溝炎，也有人以手術切除腫脹部分來加以治療。
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