蔡元培從51歲出任北大校長到61歲最後卸任，共在任十年，但實際上在校時間不足五年，期間他曾七辭北大校長而不准。有人曾做過統計，說蔡元培一生辭職了24次。蔡元培為何在北大就辭職了七次呢？我們先來看看蔡元培在北大的辭職表：
1917年1月4日，蔡元培開始就任北京大學校長一職。1917年7月3日，蔡元培熱情洋溢的就職演說詞還迴旋在北大的學子的耳邊，但為了抗議張勛復辟，蔡元培就向當時的總統黎元洪遞交了辭職書。
「張勛復辟」的鬧劇僅12天就結束了，蔡元培於當月23日回北大。這是蔡元培第一次辭北大校長職。
1918年5月22日，為抗議「中日防敵軍事協定」，蔡元培提出辭呈。這是蔡元培第二次辭北大校長職。
1919年五四運動爆發後，北大學生到天安門遊行，被北洋政府抓捕。蔡元培四處奔走要求釋放，5月7日，學生終於被放出，蔡元培於次日公開通電，引咎辭職。並於5月9日悄然離京，這次辭職引發廣大師生挽蔡大行動，北京各大專學校校長於5月13日齊上辭呈。北洋政府一再挽留，包括總統徐世昌在內，蔡元培辭職未成。這是蔡元培第三次辭職。
1919年12月31日，蔡元培第四次辭北大校長職務。當時北大教職員工因不信任教育部，全體停止職務，蔡元培辭職。
1922年10月19日，蔡元培第五次辭北大校長職，有人說這是蔡元培最為堅決的一次辭職，當時北大學生發生講義風潮，對講義收費不滿而鬧事。據蔣夢麟回憶說，當時蔡元培很生氣，說「我和你們決鬥」。甚至蔡元培還對學生說：「我是從手槍炸彈中歷煉出來的，你們如有槍炸彈，盡不妨拿出來對付我」。最後，風潮由胡適調停解決。
1923年1月17日，蔡元培第六次憤而辭職，緣於「羅文干案」。因曾在北大任教、當時擔任財政總長的羅文干被冤枉逮捕。當時有人控告羅文干貪污受賄，羅文干被捕後，司法機關因為查無證據宣布無罪釋放羅文干，新任的教育總長彭允彞卻在內閣會議上提議「再來過」，羅文干再次被捕入獄。
蔡元培瞭解羅文干的為人，為抗議北洋政府的這種做法，蔡元培憤然提出辭職，並公開在《北京大學日刊》發表辭職聲明。還寫了著名的《關於不合作宣言》的文章，發表在上海《申報》。說「耳目所及，舉凡政治界所有最卑污之罪惡，最無恥之行為，無不呈現於中國」，「國人十年以來最希望之司法獨立，乃行政中樞竟以威權干涉而推翻之」，「元培目擊時艱，痛心於政治清明之無望，不忍為同流合污之苟安，尤不忍於此種教育當局之下支持教育殘局，以招國人與天良之譴責」，言辭之激烈之痛切，是歷次辭呈之最。
蔡元培這次辭職反響很大，輿論強烈，不僅教員和學生挽留，最後連總統黎元洪也出面挽留，但蔡元培仍不回校，讓蔣夢麟代理校長，北洋政府也不免他的職。倒是教育總長彭允彞因為蔡元培的辭職丟了烏紗帽，因此而下臺了。
1926年7月8日，蔡元培第七次辭北大校長職務，仍沒有獲准，但他也沒再回到北大。直到1927年7月張作霖取消北大改為京師大學校，蔡元培的校長名義才取消。
十年間，北洋政府的總統都換了五任，內閣總理換了三十次，蔡元培一直是北大的校長。但蔡元培為什麼一次又一次地辭去北大校長的職務？也許我們可以從他的辭職書裡尋得一些原由。
1923年1月17日，蔡元培在為「羅文干案」辭職時，在《晨報》刊發辭去北大校長職務的聲明：「元培為保持人格起見，不能與主張干涉司法獨立、蹂躪人權之教育當局再生關係，業已呈請總統辭去國立北京大學校長之職，自本日起，不再到校辦事，特此聲明。」他是為人權自由而辭職。蔡元培為了表示自己的不合作，在以告退的方式來表達抗議，同時並維護自己的人格自尊。用胡適的話來說，「不合作也是積極的」，所以，他一次又一次的辭職。
蔡元培的「辭職書」在今天被不少人認為是相當寶貴的思想資料。尤其著名的是他的《關於不合作宣言》和《不願再任北京大學校長的宣言》。
「……我絕對不能再做不自由的大學校長：思想自由，是世界大學的通例。得意志帝政時代，是世界著名開明專制的國，他的大學何等自由。那美、法等國，更不必說了。北京大學，向來受舊思想的拘束，是很不自由的。我進去了，想稍稍開點風氣，請了幾個比較的有點新思想的人，提倡點新的學理，發布點新的印刷品，用世界的新思想來比較，用我的理想來批評，還算是半新的。在新的一方面偶有點兒沾沾自喜的，我還覺得好笑。哪知道舊的一方面，看了這點半新的，就算「洪水猛獸」一樣了。又不能用正當的辯論法來干涉了，國務院來干涉了，甚而什麼參議院也來干涉了，世界哪有這種不自由的大學麼？還要我去充這種大學的校長麼？」（《不願再任北京大學校長的宣言》）
1940年，蔡元培在香港去世時，各方人士都給予他高度的評價，他是真正的學界泰鬥。
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