題詩書匾足以說明康熙對醫學事業的重視。不僅如此，康熙還把醫藥作為一門經常研究的學問，其範圍不限於中醫、西醫，從解剖到藥物，從臨床到預防，在實踐中每有創獲。康熙幼年患過天花，愈後麻面，這段經歷使得他對醫學興趣頗濃。
據他寫的《庭訓格言》記載，康熙幼時已經讀過多種醫書，並能背誦，有些"後世托古人之名而作者"，也能鑒其真偽。他深知醫學實踐的重要，在研究中講求醫理，更重視醫德，他在《庭訓格言》中指出："審究詳明，推導備細，立方切證，用藥通神。"他指出良醫"必先洞察病源，方可對症施治。近世之人，多有自稱家傳方可治某病，病家草率，遂求而服之，往往藥不對症，以致誤事不小。"他常以醫者自命，經常為臣下看病處方，如康熙49年，曹雪芹祖父曹寅患疥臥床，兩月不癒，他先用六味地黃湯補虛，之後用土茯苓治之而愈。曹寅中年以後，曾患過瘧疾、唇瘤、心悸等病，都為外國傳教士治癒，康熙32年他患瘧疾，洪若翰和劉應獻金雞納（即奎寧），服之愈。羅德先和安泰分別用西藥和手術治癒了他的心悸和唇瘤，康熙封他為"扈從醫生"，又封精通外科的傳教士羅懷中為內廷行走。他令法國人巴多明把法國皮理的《人體解剖學》譯成滿文，供他學習，他學解剖時從御庫中取出明代嘉靖年所制銅人為對照。可見他學的非常認真。他在宮中設立實驗場，專供傳教士們研究西藥。他還特製一些專盛西藥的旅行藥壺、藥瓶以供出巡或隨時賜給病人之用。
康熙尤惡吸菸。他傳旨禁天下吸菸。為此，大學士蔣陳錫作詩曰："碧碗瓊漿瀲灧開，肆筵先已戒深杯，瑤池宴罷雲屏敞，不許人間煙火來。"明末清初，天花流行甚是猖獗，為推廣種痘，他親自操作，他在《庭訓格言》中說："國初，人多畏出痘。至朕得種痘方，諸子女及爾等子女皆以種痘無羌。今邊外四十九旗及喀爾喀諸藩俱命種痘。凡種痘皆得善愈。嘗記初種時，老年人尚以為怪。朕堅意為之，遂全此千萬人之生者，豈偶然也。"他用行政命令在旗下藩屬中推廣，這也是中國醫學史上首次大範圍的免疫活動，也是當時世界之首舉。但由於民族歧視，沒有在全國範圍普及推廣，即便如此，他實行的這一法令也是對醫學的有益實踐。中國古代常以治醫喻治國，稱頌上醫醫國，康熙皇帝正是治醫治國皆高明的上醫。
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