近來，中國大陸甲型H1N1流感大爆發，而中共衛生部公布的甲流確診和死亡病例數據，著名呼吸疾病專家、中國工程院院士鐘南山在媒體上公開提出質疑。大陸一些醫院的醫務人員也透露衛生部隱瞞甲流疫情，實際感染和死亡人數成謎。
11月18號，當時中共衛生部通報全國甲流死亡病例只有53例，廣東省防控甲型流感臨床專家組組長鐘南山，在回答《羊城晚報》記者提問時說：「對於這個數字，我根本就不相信！」
在鐘南山嚴厲批判官方瞞報疫情的輿論壓力下，中共當局迅速提高了死亡病例數字。據衛生部最新通報：截至11月29號，中國境內31個省份共報告甲型流感確診病例91393例，死亡病例178例。
不過，在中新網12月1號的報導中，回應鐘南山的質疑，衛生部衛生應急辦公室主任梁萬年聲稱：現在沒有發現隱瞞死亡病例的情況。他還說：中國死亡病例數少，和中國採取的早發現、早診斷、早治療的嚴格防控措施有關。
而在11月23號召開的甲型流感醫療救治論壇上，北京市衛生局局長方來英在接受媒體採訪時透露：目前全市約有40萬人已感染過甲流病毒。
11月29號，北京一家醫院醫務人員向希望之聲國際廣播電臺記者透露：上級警告甲流疫情數字不可實報。「現在不管兒科還是大人得病的都挺多的，急診室輸液的人多的都擠不進去。我們現在要求門診的（醫生）所有的東西都不許說。現在也不統計了，不知道誰是甲流，不是甲流，因為我們的大夫說沒那麼多試劑，所以現在只要看病的、發燒的都按一般感冒治。」
據衛生部通報：甲型流感佔全部流感的比例已接近90%。截止11月29號，北京確診甲流患者9007人，死亡26人；上海確診1950人；廣東確診6094人，死亡7人。
而據知情人士透露：僅吉林長春一地甲流死亡病例就已達51例。瀋陽知情民眾近日透露：當地醫院有6、7個因甲流重症死亡的，病人的肺80%都燒白了。中國醫科大學附屬第一醫院專家也發現，甲流重症病人出現「白肺」。
北京一位市民對自由亞洲電臺說：「現在國家這些錢已經不出了，全部是個人自費去做這些治療，比如說你感冒已經花了400多塊，而且現在物價還匆匆的漲，本來工資又特別低，誰肯去做檢驗看是不是得甲流，所以很多就給蓋住了，死了都不知是得了甚麼病。」
廣東省衛生廳辦公室調研員馮紹民表示：當前仍是第一波流感高峰期，預計明年2、3月或迎來第二波流感高峰期。廣東將會有15%至20%人口、即高達1800萬人感染流感。
馮紹民說：當局不會逐一化驗病患是否患甲型流感，因為患者太多了，醫院沒有足夠人手應付，只有肺炎或死亡個案、3天發燒不退的病患才會檢驗。
天津市兒童醫院醫務人員透露：兒童醫院每天接待數千發燒的兒童，上級指示不做甲流檢驗。「不確診。因為現在上面有指示，做咽拭子一個是重症的，再一個這地區有爆發流行的，他要作幾個，如果確實有了，那就說明這地區是爆發了。（哪個上級？）就是衛生局。做不過來，做一個挺貴的，2千多塊錢。（衛生局的規定是從哪來的？）那也是從上面來的。（應該是衛生部了？）啊，對。做都是市裡統一的做，如果需要做，我們得往上報，然後他們來人，他們給做，做不過來。兒童醫院每天來看病的孩子8、90%內科病都是發燒的。」
12月1號，教育部、衛生部緊急發布《學校甲型H1N1流感防控工作方案》的通知，規定若班級當天新發現急性呼吸道感染病例達5例以上，或發現當天急性呼吸道感染症狀的學生累計達30%以上，即可實施停課。
中國研製的甲流疫苗9月初問世後，北京許多學生家長選擇不注射疫苗，認為質量不可靠、有副作用。「北京鬧得家長都挺牴觸的。有接種的，有不接種的，沒接種的孩子還都沒燒，接種的孩子都在燒。」
廣州呼吸道疾病研究所所長鐘南山11月27號表示：禽流感致死率高，應警惕甲流和禽流感發生重組變異；這種情況如果出現，「將是一個非常大的災難」。
世界衛生組織駐華代表處新聞官陳蔚雲證實，中國內地出現過兩、三個甲流病毒變種的病例。巴西、日本、墨西哥、烏克蘭和美國都曾發現甲流病毒變種。中國農業部11月29號證實：已經在病犬身上發現H1N1流感病毒。
鐘南山指出：根據日前中國工程院有關專家對H1N1甲型流感的預測，高峰時大陸將有1.3億至2.6億人感染，佔總人口的10%至20%。
目前，全球甲流病例已超過46萬多例，死亡病例達到6770個。
