日本內閣官房長官仙谷由人週一（9月27日）在記者會上說，日本應該要求中國賠償與中國漁船相撞的兩艘日本海上保安廳巡邏艦的修理費用。
詹其雄返鄉後與兒子的合影
日本堅持認為詹其雄故意衝撞日本巡邏艦
不過他隨即指出，「是現在要求還是等中日雙方冷靜以後再要求是另一回事」。
中國外交部過去兩天要求日本為撞船事件道歉和賠償。
而日本首相菅直人週日在東京說，尖閣諸島（中國叫釣魚島）是日本的領土，沒打算道歉與賠償後，內閣作出改被動為主動的姿態。
仙谷週一在回答中日如何改善關係的提問時說「球在中方」。
他也再次重申釋放中國船長是日本檢察機關的判斷，「是為了把喉嚨裡的刺拔出來」。
仙谷由人還特別提到日本認為中國是能在國際社會中實踐和平外交的國家，以此顯示期待中國冷靜處理有關事件的立場。
內閣外患內憂
釋放中國船長後，菅直人內閣不但仍繼續受到中國外交譴責和要求的壓力，而且國內也四面楚歌。
執政民主黨73名國會議員週一中午發表緊急抗議聲明，除了譴責中國要求道歉和賠償是蠻橫不講理外，更說對日方釋放船長的決定表示極為遺憾和抗議。
領導發表這項聲明的民主黨眾議院議員松原仁在記者會上說，黨內很多議員對日本的外交失敗感到憤怒。
此外，民主黨代筆選舉後沉靜下來的菅直人與黨前幹事長小澤一郎的權力鬥爭也有藉機再燃的徵兆。
支持小澤的前總務大臣原口一博正在籌組「維護國家主權行動議員聯盟」，準備糾集跨黨派國會議員參加。
爭奪外交主導權
據日本銷量最大的報紙《讀賣新聞》週一報導，釋放中國船長當天，首相官邸對中日關係充斥著樂觀看法，認為此舉可一口氣吹散中國的不滿，還期待得到中國的讚揚。
消息說，首相官邸決定釋放船長事先也沒與外務省商量，也可能沒與中國調整。
《讀賣新聞》報導說，週日晚菅直人和仙谷等在首相官邸討論了應對中國外交壓力的問題，而週日從紐約回到東京的外相前原誠司立即直奔外務省，召集政務官和外務省高官開會。
前原對政務官說，「再構筑日中關係是外務省的工作」，顯示了奪回外交主導權的意向。
自民黨政權後期起開始推行政治主導，首相官邸和外務省爭奪外交主導權。民主黨執政後，這種趨勢更白熱化，前外相岡田克也幾乎無權主導外交。
獨立綜合研究所代表青山繁晴週一在富士電視臺說，釋放中國船長是菅直人和前原在紐約時，仙谷兩次指示法務大臣柳田稔的結果。
他說，沖繩地方檢察廳副檢事事後召開記者會宣讀一份聲明說「釋放船長是考慮到對國內和日中關係的影響」，而有關聲明是最高檢察廳所寫，沖繩方面只是負責宣讀而已。
