以往的官史教材對徐向前在文革當中的所作所為語焉不詳，除了提及徐向前曾任全軍文革小組組長外，大都濃墨重彩地描述徐向前在」二月逆流「裡的表現，更有人說林彪「特別是對徐向前有嚴重打擊」（高華《革命政治的變異和退化：「林彪事件」的再考察》，香港中文大學《二十一世紀》2006年10月號）。那麼徐向前這位全軍文革小組組長在文革中到底幹了些什麼？的確值得我們認真探討。邱會作的回憶為我們提供了難得的資料。
隨著軍隊院校造反派的興起，軍委各大機關普遍受到衝擊，軍委總部的李天祐、吳法憲、李天煥、李作鵬、邱會作等人都受到批判。明著無法與造反派抗衡，林彪、葉劍英就命令這些人躲到西山軍委指揮所避難。葉劍英先後安排了趙爾陸、王秉璋、杜義德、吳法憲、邱會作等人躲進西山，暫避造反派的鋒芒。（頁66）全軍文革小組的劉志堅等人雖然有中央文革撐腰，但是對林彪、葉劍英這些元帥的指示卻不能不有所顧忌。江青這時想起了徐向前。徐向前雖然也貴為元帥，但是由於歷史上的原因，徐在軍內長期以來並無實權，只是負責民兵工作。江青在1966年12月三次去林彪處，要求讓徐向前出任總政主任兼全軍文革小組組長，並打出毛澤東的旗號。林彪與葉劍英、聶榮臻商議後，採取給徐「虛位」而非「實權」的辦法，決定徐向前出任全軍文革小組組長，但總政主任一職仍由肖華擔任。那麼徐向前出任全軍文革小組組長後又是怎麼表現的呢？
徐向前新官上任三把火，首先宣布由江青出任全軍文革顧問，排名在總政主任肖華、代總參謀長楊成武之前。這樣江青在軍中發號施令就有了名義。邱回憶說：在全軍文革小組第一次會上就宣布三條方針：「一是不要怕亂，放手發動群眾；二是要徹底批判劉、鄧，消除他們的反動路線在我軍的影響；三是老幹部不要怕群眾，要自覺革命。徐向前說：當前高級幹部害怕群眾的‘恐懼症’是主要的，此病不除搞不好文化大革命。」（頁84）這三條方針實際上就是中央文革小組一直以來試圖打破軍隊鐵板一塊的磚頭，徐向前的走馬上任為此鋪平了道路。
1967年1月19日下午，徐向前親自打電話到軍委西山指揮所，對邱會作下令說：「現在總後機關的造反派對你意見很大，你不要在西山呆下去了，立即回去參加文化革命。你的問題，江青同志和我共同研究過不止一次，都認為不簡單，不能很快地解決。我現在不是以全軍文革組長的身份給你打電話，是以軍委副主席的身份向你下命令。你馬上回總後去！」邱會作等人住在西山軍委指揮所是得到林彪、葉劍英的批准的，也是對他們的特殊保護。而此時的徐向前卻與江青同流合污將邱會作送進造反派的虎口。葉劍英得知後馬上向林彪報告，葉隨後向邱會作轉述了林彪的話說「林總說了，既然人家已經下了命令，就要按軍規辦事，你那裡和我（林）這裡都要交代專人密切注意邱會作回去以後的動態。如果發生嚴重情況，當採取緊急措施。」（頁87）邱會作一回到總後機關就被造反派殘酷武鬥、毒打，幾乎喪命，如果不是林彪直接下令、葉群持林彪、陳伯達手令以及葉劍英等人採取斷然措施，派軍隊將邱從造反派的手裡救出，邱很可能就如國務院煤炭部部長張霖之一般慘死在造反派的手裡。事實上趙爾陸將軍就是在全軍文革小組的壓力下，從西山回到國防工辦接受造反派的批鬥，最後慘死在自己的辦公室內。
對於徐向前文革初期的表現，周恩來在八屆十二中全會上有一個講話，專門提到此事。周恩來說：「對邱會作同志，邱會作同志被鬥了幾個月。（邱會作同志就是去年林副主席‘八•九’講話說的壞人斗好人，好人挨了整。）邱會作同志被整後，當權派中一小撮壞人搞了一個多月，幾乎被整死。林副主席要他到香山找個地方休息，徐向前下令讓他回去主持工作。徐向前說：‘我現在給你打電話，不是以軍委文革名義，而是以軍委副主席的身份命令你回去主持工作。’在這種情況下，邱會作同志只好服從。六點鐘接到電話，八點鐘就回去了。第二天一早，就被捉去了，被打個半死，打得骨折了。後來，林副主席知道了，親自去把邱會作同志接回來，他們保護什麼老幹部？他們保護的是劉鄧司令部！」（宋永毅主編《「文化大革命」文庫》光碟，香港中文大學2006年版）
自從徐向前出任全軍文革小組組長，江青為顧問後，葉劍英軍委秘書長的職權有被架空的感覺。1月26日中央軍委在京西賓館舉行常委擴大會，葉劍英與徐向前為了造反派揪鬥肖華一事而對拍桌子，葉劍英因為憤怒，乃至拍桌時用力過猛導致一小指骨折。由此可見，徐、葉二帥就軍隊內部如何對待文革造反問題相互不滿而引發對抗。現在有據可查的林彪對徐向前的批評是，王力等人向林彪匯報「二月逆流」時，林彪針對徐向前說了一句話「他不能代表解放軍」。（王力《王力反思錄》下冊 北星出版社2001年版頁 982）
徐向前在文革初期確想緊跟毛澤東的文革路線，行動上積極配合中央文革，並與江青密切合作，以軍委副主席的身份下令給軍內高層幹部，將他們送到造反派手中予以批鬥，以此討得江青等人的歡心。但是徐沒有料到軍內的反彈同樣強烈，林彪竟然直接下手令從造反派手中強行救走邱會作，實際上就是對徐向前的一次堅決反擊。徐向前此後再也無法給其他軍中高幹下如此之命令了。事實上，林彪出面保護的不僅僅是邱會作一個人，而是代表了林彪要保護軍隊老幹部的整體態度。如果林彪此舉構成「特別是對徐向前有嚴重打擊」的話，那麼這個「打擊」並無過錯，反而應該得到人們的稱道和讚賞。由於林彪的態度，徐向前不得不轉變立場，1967年2月1日徐向前與總後勤部系統革命造反派組織代表談話時說：「邱會作是無產階級司令部的人，今天我還是這樣看，儘管他有錯誤、缺點，作了些錯事，說了錯話，但不是反革命，這我們軍委都瞭解他，要看他的歷史，他是擁護毛澤東、擁護林副主席的，是屬於好人的，你們要認清什麼是敵人，這兩條路線鬥爭的鋒芒，是指向黨內走資本主義道路的當權派，也就是指向牛鬼蛇神和他們搞政變集團的那夥人。我們軍隊過去以彭德懷為首搞陰謀，以及羅瑞卿、廖漢生、梁必業等，這一類人都不屬於無產階級司令部的人，都是資產階級司令部的人，劉少奇、鄧小平代表黨中央講話搞了許多壞東西，劉志堅也對中央封鎖消息，不請示匯報，搞了許多私貨，他搞獨立王國，這樣就是資產階級司令部的人了。……我說邱會作是無產階級司令部裡的人，就是說擁護毛澤東，擁護林總的，無產階級司令部的人都是很正確的，並不是說邱沒有執行資產階級反動路線，邱會作執行資產階級反動路線可能厲害點，對二醫大紅縱搞了許多小動作，我就不同意，邱會作說話有點不老實，喜歡搞點兩面手法。這些都屬於人民內部矛盾，不是敵我矛盾。我們都是為革命，要堅決站在毛澤東這一邊，搞劉鄧司令部的人，按兩個陣營來說，邱會作是無產階級司令部的人，這個意見我是同意的，毫不含糊的。」（宋永毅《文化大革命文庫》光碟2006年版）
