9月29日，財政部公布2009年至2010年上半年部分中央行政事業單位預算資產財務情況檢查結果。結果顯示，其中13所高校情況總涉及的違規資金達到30多億元，佔全部檢查結果涉及資金的3/4比重。
財政部稱，各大高校及科研院所的預算資產財務管理較為薄弱，預算編製不完整不真實、財務管理問題比較突出，一些高校收入未被有效統計，個別高校還存在「小金庫」等嚴重問題。
根據上述報告，13所院校中，少計收入的有五所，總計金額為3.3057億元，學校名下資產管理不嚴、賬實不符或未入賬的違規金額為5.6775億元，違規學校達到6所。
記者瞭解到，高校的預算資產財務違規主要體現在：
一是預算執行不夠規範，如吉林大學基本支出擠佔項目支出達3.22億元，決算報表編製不完整，預算執行進度緩慢。
二是資產管理不嚴，如大連理工大學未經批准購建資產4.76億元，資產賬實不符7302萬元。
三是部分事項會計核算不實，如蘭州大學虛列基建支出4716萬元，大連理工大學少計收入9314萬元、支出核算不實1953萬元。
其他違規行為還表現在：少繳各項稅收；拖欠應繳事業收入；收入未執行「收支兩條線」規定，如中國海洋大學學費、管理費1508萬元等未及時上繳財政專戶，土地補償等收入6939萬元未及時上繳中央國庫；違規收費，如華東理工大學違規收費達980萬元。
21世紀教育研究院副院長熊丙奇告訴記者，一般而言，大學的收入有幾大部分，即國家撥款、申請的經費、校友捐獻、經營性收入等。其中科研經費和學校經營性收入容易被隱瞞。
「比如科研經費就有陰陽合同的情況，往往寫的數字很大，為的是多拿到活動經費。但是實際開支並沒有這麼大。」熊丙奇表示。
根據瞭解，目前部分學校部分收入不計算，以及部分資產未入賬，有多重原因。因為目前除了北大、清華這樣的名校能獲得國家的大力資金傾斜外，一般的985大學難以獲得更多的資金。比如此前985院校第一期國家財政資助，北大清華能拿到18億，一般985院校甚至1/4的資金都拿不到。也正因為此，不少高校才通過隱瞞收入，賬外有賬的方式來解決資金短缺問題。
目前審計系統對於高校經常有審計的抽查。財政部對於高校的預算檢查，也在地方預算的管理正常化發揮著作用。
但熊丙奇認為，未來中國的大學要盡快像發達國家的高校一樣引進第三方審計。即使財政部和審計部門不直接審計，也可以直接委託第三方機構，對於高校進行審計。
一位「985」高校財務處人士則告訴記者，目前財政部對於高校的預算執行情況是抽查，按照現在的趨勢，以後將逐步走向每年審查。
