李海樱（又名李海英）等12名被广州市检察院指控殴打孙志刚致死的犯罪嫌疑人的案件在广州中级法院审理；被广州市白云区检察院指控在孙志刚案中犯有玩忽职守罪的原广州市精神病医院江村住院部工作人员彭红军等4人在白云区法院受审；原天河区黄村街公安派出所警察李耀辉和原江村住院部副主任张耀辉等2人同样被指控犯有玩忽职守罪，他们在天河区法院接受庭审。
在广州市中级法院受审的12名被告有4人是救治站护工，另外8人是在救治站接受治疗的被收容人员。
广州市检察院在起诉书中控称：2003年3月18日晚10时许，被害人孙志刚被收容后被送至广州市精神病医院江村住院部（收容人员救治站）201室治疗。3月19日晚，孙志刚因向其他收容救治人员的亲属喊叫求助，遭致护工乔燕琴的忌恨。乔燕琴遂与另一护工乔志军商量，决定将孙志刚调至该站206室，让室内的收容救治人员对其进行殴打。之后乔燕琴到206室窗边向室内的被收容人员李海樱等人直接授意。
至19日零时30分左右，乔燕琴再次向乔志军及接班的护工吕二鹏、胡金艳提出将孙志刚从201室调至206室殴打，并得到3人的认同。将孙志刚调到206室后，乔燕琴、吕二鹏又分别向李海樱等人授意对孙志刚进行殴打。当日1时许，206房的被收容救治人员李海樱、钟辽国、周利伟、张明君、李龙生、李文星、韦延良等人对孙志刚进行殴打，何家红则在旁望风。胡金艳发现后进行了口头制止，但李海樱、钟辽国、周利伟、张明君等人在乔燕琴的唆使下，不顾孙志刚跪地求饶，继续殴打，何家红也参与对其拳打脚踢。当值护士曾伟林（另案处理）发现后遂与胡金艳将孙志刚调至205室。后孙志刚向吕二鹏反映情况，被吕二鹏用塑胶警棍向其胸腹部连捅数下。当天上午10时许，孙志刚被发现伤重后经抢救无效死亡。
控方认为，12名被告人故意伤害他人身体，致人死亡，均已构成故意伤害罪。其中乔燕琴、李海樱、钟辽国、周利伟、张明君、吕二鹏在共同犯罪中起主要作用，是主犯；李龙生、李文星、韦延良、何家红、乔志军、胡金艳起次要或辅助作用，是从犯。上述12名被告人故意伤害他人身体，手段特别残忍，情节特别恶劣，在社会上造成极坏影响，危害极为严重，依法诉请法院从严判处。
据了解，庭审过程中，12名犯罪嫌疑人对殴打孙志刚的事实基本认同。但其中8名参与殴打孙志刚的在接受治疗的被收容人员说，他们之所以打人，是因为受到胁迫，此前他们几乎都有过在医院里被别人殴打的经历，有的说是被医院里的护工打的，有的说是被护工指使他人打的。
庭上争论的焦点，在于是否是上述被告人的殴打行为导致了孙志刚的死亡。
在天河区法院受审的广州市天河区黄村街派出所专区中队长李耀辉，被检察机关指控在收容孙志刚的过程中犯有玩忽职守罪。李耀辉及其辩护人在庭上进行了无罪辩护。
李的律师称，李耀辉在本案中的行为完全是按广州市对收容遣送的有关规定来进行的，如果说有错，那也是制度上的错，不应该归罪于李一人。律师称，广州市政府的一份文件和2002年广州市公安局和民政局的另一份文件，都能说明广州的收容标准与广东省和国家的不同。同时，律师还认为，事件中只有李一人被指控有失公平，“为什么派出所所长、副所长没有被指控”。
李本人则对控方提交的证言一概否定，认为自己无权决定收容谁，且自己也没有签名。他还表示，出事后，有关人员一直告诉他“没事”，他认为自己是“替罪羊”，声称要把所知道的一切都说出来。
同样被控犯有玩忽职守罪的江村住院部副主任张耀辉，则认为自己在事件中的罪行轻微，不应该负有主要责任，而只应该负间接责任。检察机关对他的指控称，该住院部的护工几乎都是由原来的保安转的，从没有进行过任何的相关培训，且管理混乱。有检察官指出，去年以来，该住院部已经发生了多起被收容人员被殴打事件，一起护工对被收容人员敲诈勒索事件，但并没有引起张的重视。甚至孙志刚事件发生后，依然没有引起张的重视。
在白云区法院接受审判的彭红军、曾伟林、邹丽萍、任浩强等4人，分别是江村住院部的相关医生、护士长等工作人员。检方指控他们在孙志刚死亡事件中犯有玩忽职守罪。
