据俄罗斯《劳动报》报道，1941年底，苏联处于异常困难的境地，莫斯科堡垒正在进行残酷的保卫战，列宁格勒已被三面包围。当时，斯大林当着政治局委员们的面用红色铅笔为库兹涅佐夫写信，要求他全力保卫列宁格勒，其中有几句：“亲爱的阿列克谢，所有的希望都在你身上。祖国不会忘记你的！”随后签名，在信封中放了一包自己最喜欢抽的香烟，立即叫来内务人民委员梅尔库洛夫，命令他当天使用飞机把这封信送到被围困的列宁格勒，交给库兹涅佐夫。据现代历史学家掌握的情况，这是斯大林一生所写的唯一一封夹带礼品的亲笔信。
当时，负责列宁格勒保卫战的苏联最高领导人名义上是苏共政治局第一秘书日丹诺夫，但由于他患神经痛，生理上无法承受震耳欲聋的枪炮声，大部分时间在地下掩体内度过，实际指挥工作由苏共政治局第二秘书库兹涅佐夫全权负责，日丹诺夫曾在斯大林问询时坦承此事。库兹涅佐夫不仅要负责领导城市防御，还要想方设法供应食品，开辟“生命线”，还经常和自己的小儿子一起，戴上头盔，到前线战斗部队鼓舞士气。战争期间，库兹涅佐夫成为最受列宁格勒人欢迎的指挥官，军衔得到提升，同时成为列宁格勒方面军和沃尔霍夫斯基方面军军事委员会成员。
1946年，库兹涅佐夫被调到莫斯科工作，当选苏共中央委员会组织局委员，负责克格勃、内务部、中央委员会秘书处的工作，掌管人事。当时，斯大林在与政治局成员谈话时，多次公开宣称库兹涅佐夫是自己在党的路线方面的接班人。
职务的迅速升迁、被领袖公开宣布为接班人，使库兹涅佐夫无意中成为妒忌的主要对象。1948年9月，日丹诺夫突然去世，死因非常蹊跷，库兹涅佐夫失去了最有力的保护，随即就有许多人揭发库兹涅佐夫的“罪状”。其中一份告密信中说在库兹涅佐夫的包庇下，列宁格勒防御博物馆建得比莫斯科防御博物馆还要好。还有人告密称他在讲话中几乎不提伟大领袖斯大林的名字。
结果，晚年的斯大林对库兹涅佐夫失去了信任。1949年2月15日，苏共中央委员会做出决议，解除了库兹涅佐夫的所有职务，没有任何解释。库兹涅佐夫虽然感到非常意外，但还是比较平静的接受了这一决定。一年后，他接到通知，到马林科夫办公室去一趟，他在动身前还说：“瞧，好了，终于搞清楚了。现在一切都会好起来！”。但他就是在马林科夫办公室内被逮捕的，当晚，家里就被搜查，特工们的第一个问题就是：信在哪里？或许，贝里亚担心库兹涅佐夫的家人会把斯大林的亲笔信送到领袖手中，担心斯大林会对自己曾经最信任的天才心慈手软。
1950年，库兹涅佐夫在列宁格勒法庭接受审讯，否认了所有莫须有的罪名。庭审共持续了几个小时，法官们商量了几分钟，随后做出审判。一小时后，库兹涅佐夫被开枪处死。
