国大复决通过修宪案，陈水扁顺势宣布启动第二阶段的宪改工程，并强调此次能废除国民大会，表示我们已打破过去守旧与僵化的宪政法统迷思，做好全面宪改的准备工作；他希望朝野政党未来能异中求同，再次合作，完成二次宪改。
陈水扁是在六月七日晚出席民进党为党籍国代举办的庆功宴上发表谈话；出席晚宴的吕秀莲并盛赞陈水扁是“宪政总工程师”，陈水扁高度肯定民进党主席苏贞昌督军有功，并指称二次宪改民进党将扮演更建设性角色，“希望在苏主席带领下”，能再下另外一城。
面对朝野关系，陈水扁强调，没有朝野合作，便不可能跨过高门槛，他特别向国民党主席连战与投下支持票的国代致敬，也希望未来朝野各党能以国家及民众利益为优先，为了政府良好管理，国家竞争力提升，社会公益的落实，携手合作，再创宪改成功。
对于苏进强的批评，总统府官员不愿评论，但强调只要如陈水扁所说朝野携手合作，而非杯葛宪改，那么二次宪改的推动当然是有极大成功展望。
亲民党发言人谢公秉转述宋楚瑜对于二次宪改看法指出，宋楚瑜表示，全世界民主国家，总统主要职责是遵守宪法，而非一再毁宪、修宪。总统频频主导修宪，并以修宪为职志，有违民主惯例与精神，亲民党反对二阶段修宪，也不会加入总统府下设的修宪委员会。宋楚瑜也质疑公投入宪后患无穷，无疑为未来的民粹操弄开了一扇大门。
台联党主席苏进强七日不以为然说：“麦搁骗啊！（台语）”他表示，第一阶段修宪已把生机捏死，哪有第二阶段宪改的空间？并语带嘲讽地说，希望民进党展现他们的天威神力。
苏进强指出，这次修宪案通过后，制宪及宪法的创制权被剥夺、绑死，面对未来的修宪高门槛，第二阶段宪改的空间在哪里，台联相当怀疑。
williamhill官网 时报引述国民党秘书长林丰正回应表示，国民大会好不容易复决通过修宪案，政府就马上再提修宪“不切实际”，民意也无共识，政府应该全力拚民生经济，而非为了政治私利违背民意；现在再谈修宪时机不对，国民党反对立即进行第二阶段宪改。
林丰正七日代表党主席连战上阳明山，他表示，修宪后政府应该要思考如何弭平朝野裂痕、疗伤止痛，共同拚民生经济、营造朝野和谐，现在修宪人民也不会愿意，国民党“不随民进党起舞”。
国民党中央政策会执行长曾永权也表示，政府现在应该遵守宪法，落实修宪条文，致力配套措施，让民众休养生息，而非重启修宪。国民党国大主席团主席陈金让表示，现在宪政运作顺畅、没有困难，当前没有第二阶段宪改的必要，宪法但求其稳定性，政府应该从长计议，优先拚民生经济。
国民党发言人张荣恭指出，国大通过修宪案后，所谓法理台独的可能性剧降，重挫了激进台独阵营的意图，显著提升了台海的安全性与两岸的稳定性，唯一变数是陈水扁新抛出第二阶段宪改的论调，希望扁适可而止，以维护这次修宪的成果。
