红卫兵运动在经历了初始和血腥的破四旧时期后，走入了更为复杂的第三阶段。
第三阶段：1966年10月-12月 造反派组织的出现
血统论红卫兵的行动固然对树立毛的绝对权威起了极大作用，但它毕竟不在毛政治清洗的轨道之内。另外，血统论红卫兵的行动不予中止，也终究会干扰他的清洗计划。毛开始了下一步的行动。
1966年10月9日至28日，中共中央召开工作会议，着重批判以刘邓为首的一批从中央到地方各级的领导人执行的一条旨在镇压群众的“资产阶级反动路线”，从而为“文化大革命”扫清障碍。16日，在毛的授意下，陈伯达在全体会议上作了题为《无产阶级文化大革命中的两条路线》（又名《两个月运动总结》）的长篇报告。报告中说，毛发动的这场文化大革命本来是整走资本主义道路的当权派，但刘少奇、邓小平他们制订了一条“打击一大片，保护一小撮”的资产阶级反动路线，不是整走资派，反
而是镇压人民。人民群众应该起来批判这些执行了“资产阶级反动路线”的领导干部。领导干部应该接受群众的批判。给前段时期被打成“反党反社会主义的右派分子”的群众平反，赔礼道歉。所有整群众的档案材料都要予以销毁……
毛大为赞赏，并下令大量印制。此后，陈伯达这个报告便在全国各地广泛流传开来，不仅官方大量翻印，各地群众组织也竞相翻印，铅印本、油印本随处可见，许多地方还将报告全文抄成大字报张贴公布，因此，其中的内容可谓家喻户晓，特别是其中对“血统论”的批判。
陈伯达在报告中批判了“血统论”，称：最近一个时期，有人“用血统论来代替阶级论，企图混淆阶级阵线，孤立无产阶级的革命队伍。”“他们利用工农出身青少年的阶级感情，利用一部份年轻人天真提出的‘老子英雄儿好汉’，来蛊惑一批学生。实际上，这是剥削阶级的反动的血统论。封建地主阶级宣扬什么‘龙生龙，凤生凤，老鼠生儿打地洞’。就是这样的血统论。这是彻头彻尾反马克思列宁主义的，反毛泽东思想的，是彻头彻尾的反动的历史唯心主义，是同马克思列宁主义的阶级分析根本对立的。”“现在有一些学生接受什么‘自来红’、‘自来黑’的观点，接受什么要在学生中划分‘红五类’、‘非红五类’或者什么‘黑几类’的观点。制造这类观点的人，是要在无产阶级文化大革命中制造混乱，蒙蔽青年。我们劝青年们不要接受这种血统论的错误观点，而要用马克思列宁主义、毛泽东思想的阶级论来武装自己的头脑。”
陈伯达报告中对“血统论”公开提出严厉的批判，并非是真正要打碎这种长期以来压制广大社会弱势群体的精神枷锁，而仅仅是为了更深入、广泛的发动群众投入到“文化大革命”中来，为毛的“战略部署”效力。在毛看来，只要不放弃“以阶级斗争为纲”的施政方针，就不可能真正抛弃“血统论”。因此，当遇罗克对“血统论”展开真正的批判后，就遭到了同一个“无产阶级司令部”的无情镇压和肉体消灭。
对于“血统论”的批判和毛发出的打倒执行“资产阶级反动路线” 的中共领导人的号召，使一大批出身迥异于“血统论红卫兵” 的学生组织了新的红卫兵组织“造反派红卫兵”。这些出身一般的青少年学生由于前一阶段处在政治歧视高压下，而对“血统论红卫兵” 及其父辈有着一种莫名的仇视。如今的解脱让他们开展了更为大胆的反政治歧视反政治迫害的运动。而这场运动随之扩展到了社会各个领域。
10月，北京各个高校首先开展了“批判资产阶级反动路线”的运动，11月发展到一般机关、事业、企业单位，高潮出现在11月中到年底。地方各级党委和各单位党的领导人被推上了受批判的地位。“造反派红卫兵” 对这次运动起了极大促进作用。他们在学校里把工作组批倒以后便冲向社会，到机关、工厂里“串连”。他们大胆的行动鼓舞了社会上的群众。群众批判“书记”们的音量增高了。甚至有的机关、工厂里的群众起来效仿“造反派红卫兵”的做法。敢于冲进单位的党委办公室、保卫科、武装部去查抄单位领导收藏的整群众的“黑材料”。更有甚者，在没有钥匙的情况下，把档案柜打烂，抢走“黑材料” 。
而随着批判的深入，大量群众组织开始出现，特别是11月后。这些组织不再叫“红卫兵”，而叫什么兵团、战斗队、造反团之类，基本按每个人在文化革命前的社会秩序中的政治座标实行“同类项合并”。“政治品质”较高的人和较低的人有着泾渭分明的排列组合。所谓“高”、“低”系由阶级出身、本人成份、政治条件、领导关系等许多方面的综合效应而成。政治品质较“高”的组织构成了文化革命中最初的“保皇派”、“保守派”，较“低”者构成了最初的“造反派”。
因为“保皇派”成员多是红五类或者红五类子女，一般都是历次政治运动（包括文革初期）的红人（统称１７年的红人）；“造反派”成员比较复杂，有红五类及红五类子女也有非红五类子女（包括黑五类子女），也有少数是１７年的红人，但绝大多数还是在平常被领导压制、歧视、排斥甚至打击的普通群众，特别是在文革初期“受压挨整”的部份青年学生和教师，企事业单位青年职员和青年工人等。所以“保皇派”、“保守派”组织在“批判资反线”中往往是虚晃一枪。而“造反派”组织则是真枪实刀
的对领导拉开了批判的架式。
在“批判资产阶级反动路线”的高潮中，群众的批判锋芒其实并不局限于前阶段本单位的领导把群众打成“反党反社会主义的右派分子”，他们还进而清算了单位领导在文化革命前的种种恶行劣迹。比如，单位领导曾欺压过群众，曾在文革前的“四清”运动中借机迫害过群众，曾对向他们提过意见的群众进行打击报复等等。有的群众甚至向单位领导提出要求，不但要给在前段运动被打成“右派”的群众平反，而且还应给在文化革命前受过政治迫害的群众平反昭雪。要求让那些在“四清”运动中被错划
为“逃亡地主”、“历史反革命”而被开除公职，或押送回乡的群众回来复职。从这个方面而言，文革中至少短暂的出现了民众自发的反政治迫害的运动，虽然打着不同的旗号。
造反派依靠的是毛和“中共中央文革小组”，保皇派依托的靠山是各级地方政权机构和单位负责人。所以双方的冲突的激烈是完全可以想见的。这一阶段，“保皇派”、“保守派”和“造反派”之间陷入了最初的批判到无尽的暴力与报复的回圈之中。曾经被压制的黑五类人员及其子女得到了解放，曾经是红五类的人及其子女受到了批判甚至是暴力的杀戮。1966年底，因为全国各级党政机关的负责人大多受到了批判，党政机关一度处于瘫痪状态。
此时，在毛和“中共中央文革小组” 的大部份成员中，红卫兵已经失去了利用的价值，因为红卫兵运动不仅实现了“揭露走资本主义道路” 的党的领导人的目标，而且在社会上掀起了造反的热潮，并迫使党政机关处于挨打境地。但是他们将导致社会处于无政府状态的危险，使毛决定采取严厉措施将红卫兵逐出政治舞台。红卫兵的命运就这样被决定了。
关于激进学生产生的原因
让很多人难以理解的是，为什么文革初期的红卫兵会有如此激进的行为？包括对人的杀戮？有学者分析说，这些行为来源于一种政治变态心理，而这种心理是中共政权一手造成的，恰恰是中共自己品尝到了自己酿的苦酒。
有学者认为，文革前几年间，中共对学生们大量灌输的政治思想教育是“阶级斗争”、“反修防修”、“解放全人类”、“做无产阶级革命事业的接班人”等等。再加上“要做暴风雨中的雄鹰，不做温室里的花朵”那一类文学语言的薰陶，使青年学生在思想上产生一种将有大任降于身，将可为革命事业大显身手的潜意识。然而从这种翱翔的理想回到现实，他们发现自己的一切言行其实都处于深重的束缚之中。现实的生活是那么的平凡枯燥。尽管党也号召他们做螺丝钉，但这个号召则难在他们心中引起共
鸣。干一番大事业才是他们的向往。理想与现实的矛盾使他们心中存在着苦闷、不满、期待和躁动。这些心态对现存社会秩序具有反抗势能，而且这势能随着时间的延伸在不断的积累中。它在左右窥伺，寻找突破口和爆破点。6月初《人民日报》的一系列动作点燃了导火索，火药桶爆炸了。
而激进学生们在高呼“革命”口号的同时却遭到党的革命铁拳的重击，他们也在品尝自制的苦酒。
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