8月迎中常委改选
马英九胜出后，首先面对的就是8月的中常委改选。由于中常会是国民党权力核心，目前中常委拥王势力过半，中常委改选势必将再度上演王马交锋，预料双方阵营都将全力争取。
党产问题无法忽视
党产问题也是马英九无法忽视的项目，国民党的党产包括中投公司、华夏公司、中央党部大楼，以及木栅“国发院”约两万坪土地等四大部分，都有待马英九处理。另外，国民党还面临1,700位党工的精简等问题。
县市长选举迫眉睫
另一项迫在眉睫的问题是年底县市长选举，据马英九评估，目前泛蓝执政县市，绝大多数都能连任。其他例如台北县，有机会结束16年来的民进党执政，高雄县等县、嘉义市甚至台南市，泛蓝都有机会赢得执政权。如何落实这样的评估，相当受到关注。
泛蓝整合十分艰巨
连战时代无法完成的泛蓝整合问题，也留待马英九努力。马英九曾表示，选后一定会拜访亲民党主席宋楚瑜。不过宋楚瑜已赴美，“宋马会”短期无法实现。马英九如何整合泛蓝，是一项艰巨工程。
与阿扁互动受关注
如何和民进党政府互动，也备受关注。马英九说，不会主动和陈水扁见面，因为朝野互动不应由在野党发动。至于制衡民进党，他认为，“国会”与街头运动应交互运用，在不违反宪法、法律、民意的前提下，在“国会”中与友党商量好策略，齐力制衡；街头运动应谋定而后动、能发能收。
两岸关系马愿亲访
马英九说，未来市长任期结束后，若有必要、有利于台湾，他愿前往大陆访问。但马英九前不久对大陆通过《反国家分裂法》等事件的强烈反弹，让人们对他如何处理两岸关系更加关注。
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