据明慧网报道，迫害波及了至少九个系，多名优秀学子受牵连。其残酷程度是史无前例的。酷刑、判刑、甚至电子工程系毕业的袁江竟被迫害致死。下面是明慧网收录的部分迫害事实。
1.电子工程系
袁江，30岁，1995年7月毕业于清华大学电子专业。法轮大法甘肃义务辅导站站长。在兰州市电信局所属的信息技术工程公司曾经担任过副总经理。后因他不放弃法轮功信仰被解职，改任技术总监。2001年8月30日在甘肃敦煌附近被捕，遭到甘肃省公安厅公安酷刑折磨，于11月9日迫害致死。
孟军，男，29岁，清华大学电子工程系助教，清华大学电子系硕士。1999年9月、10月两次被派出所和北京市公安局扣留，因为坚持信仰而在单位实行岗位聘用制时被迫失业。后因2000年6月去天安门广场为法轮功和平请愿被拘留，2000年12月，在贴真象资料时被抓走，遭到酷刑折磨，2001年12月 13日北京市中级人民法院非法判处孟军10年徒刑。
姚悦，女，已婚，29岁，清华大学微电子所96级硕士研究生，党员，本科毕业时曾被评为北京市优秀毕业生。清华大学热能系97级硕士研究生刘文宇的妻子。 1999年9月3日因在学校内炼功被清华大学派出所强行带走被开除党籍、学籍，档案被校方强行转走。2001年1月1日凌晨，被中关村派出所匪警破门而入抓走。2001年12月13日北京市中级人民法院非法判处姚悦12年徒刑；
褚彤：女，32岁，清华大学微电子所硕士，讲师，清华大学精密仪器系90级毕业生虞超的妻子。1999年10月27日去天安门城楼上为法轮功请愿，遭到警察的野蛮殴打。被绑架后被关押在北京市公安局七处，被非法判有期徒刑一年零六个月。出狱后在明慧网刊登“严正声明”表示继续坚修法轮大法，随后被?y离失所。2002年8月与其丈夫一起在北京住所被秘密绑架，目前下落不明。
2.精密仪器与机械学系
王欣，男，25岁，清华大学精密仪器与机械学系99级博士生，曾获校优秀干部奖学金、优秀学生二等奖学金、好来西校友奖学金、细越育英奖学金，并担任过班长、系科协副主席等职务。本科毕业后免试直接攻读博士研究生。1999年10月被清华大学强令回家休学，并被告知“不从思想上脱离就不能回校”。2001 年4月被抓。2001年12月13日北京市中级人民法院非判处王欣9年徒刑。
黄奎，男，26岁，清华大学精密仪器与机械学系99级博士生。曾获郑格如奖学金、优秀学生一等奖学金，并获清华大学优秀毕业生称号。曾担任班长、系科协副主席等职务。本科毕业后免试直接攻读博士研究生。1999年10月，学校强迫其休学3个月。2000年6月因在校园内炼功，被派出所警察在校园内当众殴打，后被清华大学勒令退学。2000年11月，在珠海以“颠覆国家政权罪”被非法逮捕，珠海市香洲区法院于2001年8月进行审判，审讯结果原定在 2002年春节前后宣布，但因布什总统访华而押后，目前可能已被秘密宣判。
王为宇，男，29岁，清华大学精密仪器与机械学系96级博士生。曾获优良毕业生、优秀学生奖学金和飞利浦奖学金等多项奖学金，曾担任班长、团支书、科协副主席、精仪系团委副书记、97级本科生辅导员等职务。清华大学本科毕业后免试直接攻读博士研究生。99年9月和10月两次因参加修炼心得交流会被清华派出所扣押，被罚蹲4～5个小时，并被威逼讯问至深夜。后被迫休学长达四个多月，2000年6月再次被休学。2000年7月22日在天安门与他人交谈被警察无理拘留一周，2000年下半年，被迫离开学校流离□□A2002年8月在其打工的公司上班期间被国安秘密绑架，目前下落不明；
许志广，男，25岁，清华大学精密仪器与机械学系99级博士生，曾获优秀学生一等奖学金，担任过班长、系科协主席等职务。清华大学本科毕业后免试直接攻读博士研究生。99年7月25日因上访反映有关法轮功的真实情况被北京市公安局无理扣押一天，99年10月因坚修法轮功被强令回家六周，并被告知“不从思想上脱离就不能回校”。2000年6月被告知“若再有行动立即休学或退学”，2001年4月被校方强行绑架至洗脑班，后即被迫离开学校，流离失所，2002 年4月外出时失踪，其后曾被关押于北京市团河劳教所，目前下落不明。
虞超：男，30岁，清华大学精密仪器系90级毕业生，网络工程师，清华大学微电子所讲师褚彤的丈夫，2000年因在天安门广场打开法轮功横幅请愿，被非法劳教一年，所外执行，后被?y离失所，2002年8月与其妻子褚彤一起在北京住所被秘密绑架，目前下落不明。
3.水利水电系
张孟业，清华大学59级水利工程系河川枢纽电力专业的学生。中共中央总书记，中央军委副主席胡锦涛的同班同学，曾任广东电力学校讲师。2000年3月被广州市公安局强行判送劳教两年，关押在广州市第一劳教所。在劳教所，张孟业为要求无条件释放，曾3次绝食。直至2002年2月10日被释放时，张孟业已被摧残得骨瘦如柴，体重还不到70斤。回家后，张孟业因不堪骚扰迫害，被迫离家出走。张孟业于3月20日和5月4日在明慧网发表两篇文章，陈述自己在20多年前患乙型肝炎，久治不愈，炼法轮功8个月即完全彻底根治好的事实，以及在1999年因写信给中央谈对法轮功的认识而被劳教遭迫害的经历。这两篇文章发表后，广东610办公室遂投入大量人力到处搜寻他，并且扬言，一定要抓到他，抓到后不是送劳教就是送去洗脑班。2002年5月18日夫妇二人被双双强行送到黄埔戒毒所洗脑班，在这里张孟业受尽了种种非人的折磨。
林洋，男，25岁，清华大学水利水电系94级学生。曾获校优秀一等奖学金，校“挑战杯”科展三等奖，校科技活动“优秀个人”称号。因品学兼优被推荐免试攻读硕士学位。1999年9月初开学时，因未写对法轮功的揭批材料与不炼功的保证，校方不予注册，不给办理一切入学手续。1999年10月27日与同学二人去找人大代表反映情况，被强加以“非法聚集，扰乱社会治安”的罪名处以刑事拘留，后被两度休学。2000年6月初又因去天堂河监狱反映情况被非法拘禁十天，获释后被清华大学非法开除。2000年11月，在珠海以“颠覆国家政权罪”被非法逮捕。珠海市香洲区法院于2001年8月进行审判，审讯结果原定在 2002年春节前后宣布，但因布什总统访华而押后，目前可能已被秘密宣判。
蒋玉霞，女，25岁，清华大学水利水电系95级学生。1999年10月，去信访办反映自己对法轮功的看法。清华大学以其毕业设计答辩不通过为由不给毕业证，以肄业处理。2000年10月1日国庆节到天安门游览，又无故被强行拘捕关押3日。2000年11月，在珠海以“颠覆国家政权罪”和黄奎一起被非法逮捕。珠海市香洲区法院于2001年8月进行审判，审讯结果原定在2002年春节前后宣布，但因布什总统访华而押后，目前可能已被秘密宣判。
4.热能系
俞平，男，30岁，热能系1995级硕士研究生，1997年3月因成绩优异提前攻读博士学位，曾获清华大学一二九奖学金，西门子奖学金。曾任系研究生会主席，研究生工作小组副组长。1999年6月初完成学位论文，是国家863计划航天领域高科技项目，并被评为优秀毕业论文，但因6月20日到天安门广场为法轮功和平请愿，学位被清华大学搁置不授予，以博士肄业处理。已获俄亥俄大学全额奖学金，却失去深造机会。后被非法判刑四年，曾上诉，目前情况不明。
刘文宇，男，已婚，29岁，清华大学热能系97级硕士研究生，清华大学微电子学研究所96级硕士研究生姚悦的丈夫。曾任热研7班班长，获清华大学优良学生奖学金。1999年5月因成绩优异提前攻读博士学位。2000年1月15日到30日，被清华非法软禁在200号核试验基地，强迫其改变信仰。2000年6 月到天安门广场为法轮功和平请愿，以“涉嫌非法聚集”之名被非法刑事拘留一个月。被清华非法勒令退学。2001年1月1日凌晨，被中关村派出所警察破门而入抓走。后关押于北京市公安局七处看守所，2001年12月13日北京市中级人民法院非法判处刘文宇3年徒刑。
5.建筑系
马艳，女，26岁，清华大学建筑系94级本科生，清华人文学院传播学第二学位。1998年7月开始修炼法轮大法。2000年4月25日去天安门和平表达心声“法轮大法是正法”，被刑事拘留一个月，被拘数天都无人通知其父母，令其家人承受了极大的精神痛苦。随后校方来电话通知其退学，被其拒绝后，校方又电话通知其被“除名”。2000年11月，在珠海以“颠覆国家政权罪”被非法逮捕，目前可能已被秘密宣判；
王志强，男，31岁，清华大学建筑系97级研究生，因为修炼法轮功而于1999年10月被学校强迫休学，后失踪多时，半年后，家属得知，关押于北京市公安局七处，现下落不明。
6.工程物理系
李春艳，女，22岁，清华大学工程物理系本科生。1999年9月因拒绝写不炼功的保证校方不予注册。99年10月因参加修炼心得交流会被校派出所扣留、审问至凌晨，期间被体罚。因其早晨在校内炼功，多次被清华派出所迫害，由北京市公安局十四处警察审讯。被勒令休学，但是清华大学不同意开书面的休学证明，理由是怕她对外公布真相。2000年11月，在珠海以“颠覆国家政权罪”被非法逮捕，目前可能已被秘密宣判。
7.化学工程系
柳志梅，女，22岁，清华大学化学工程系97级学生，1999年9月校方不予注册入学。10月因参加修炼心得交流会被校派出所扣留、审问至凌晨。2000 年7月份去天安门和平表达心愿，被非法拘留20多天，期间一直绝食。2000年8月被清华大学强令休学并且不出示任何书面证明。2001年5月被非法抓捕，其间辗转了几个看守所，后关押于北京市公安局七处看守所。受到酷刑折磨，头被打变形，胸部被打坏，多个指甲被摧残掉，被扣上十几项罪名，并于2002 年11月份被非法判刑12年，从北京被遣送回原藉，现被非法关押在山东省济南市女子监狱。
8.核能技术设计研究院
李艳芳，女，27岁，清华大学反应堆工程与安全专业硕士研究生。1999年9月因在学校内公开炼功被清华大学派出所强行带走，讯问至第二天凌晨。10月下旬，因参加修炼心得交流会再次被校派出所扣押，并被施以“背铐”刑罚。2000年6月她去天安门和平表达心愿，被北京市公安局行政拘留9天，8月份开学后校方口头通知其休学，后又被口头要求退学。两次被迫休学给家在农村的亲人造成了巨大的精神痛苦和经济损失；其身患癌症、情同慈母的外婆在此期间病情加重，于2000年7月份去世。2000年11月，在珠海以“颠覆国家政权罪”被非法逮捕，目前可能已被秘密宣判。
9.机械工程系
李峰，女，96级清华大学机械工程系硕士毕业生，后在上海某职业学校任教师，是有口皆碑的好教师。2000年5月辞职到北京，然而上海警察在李峰离开上海后来到北京，费尽心机地找到她，并把她判刑3年。
除了上述学生和研究生之外，还有许多教职员工，以及在海外读书的清华学子在回国时遭受迫害，包括在爱尔兰攻读学位的计算机系88级学生赵明，和在英国攻读学位的谢卫国等学子。
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