■ 功能性囊肿
有些时候，不知道是什么原因，卵巢在某一个周期不排卵，而使得滤泡持续增大，通常大到2.5公分以上时，就有人称之为囊状滤泡。大到3.5公分以上，则称之为滤泡囊肿，不过这样的分类在临床上没有多大的意义，因为滤泡囊肿有时甚至可以大到10公分，而由于都是良性，处理方法都是观察一阵子再看看。
如果有排卵，则正常本来就会形成一个黄体，但有时不知何故，黄体内部出血并形成囊肿异常长大，变成黄体囊肿，常常大到四、五公分左右，有时也可以大到七、八公分以上。
郑丞杰 医师表示针对滤泡囊肿和黄体囊肿的处理，观察是最好的办法，通常过几天到两周左右，大部分会自动消失，因此妇产科医师都会告诉患者，月经一结束就再来照一次超音波，如果一点都没缩小，才考虑是非功能性囊肿。一般而言，如果是会消失的，在两个月经周期，亦即八周之内都会消失，不必打针吃药，月经过后再看一次超音波就对了。
有趣的是，黄体囊肿有时会意外在性交中被撞破，而引发内出血及剧烈的下腹痛，这种情形通常发生在下次月经将来之前十天之内，激烈的性行为之后(大都有性高潮)，这时候超音波检查会看见有内出血，但妊娠试验是阴性，而月经也没有过期不来，所以不是子宫外孕。处理的方法还是先观察，如果血红素持续下降，可用腹腔镜手术止血，如已自然止血，则不必积极介入治疗。
卵囊黄体囊肿来自于妊娠荷尔蒙hCG对卵巢的过度刺激，常见于使用排卵药，以及葡萄胎、绒毛膜癌的时候，超音波检查可以协助判断，不过囊肿本身还是良性的。
妊娠黄体瘤常常是在剖腹产时被意外发现的，有实心部分，亦即不是只含液体的“水瘤”，不过这仍属功能性囊肿，产后会自动消失。
多囊性卵巢( PCO)其实不是个肿瘤，只是卵巢比一般大，且内含许多小于1公分的小囊泡，它合并的问题是肥胖、不孕、稀发性月经等，如果不加以理会，长期下来容易引发子宫内膜增生及子宫内膜癌。
功能性的囊肿，除非发生扭转或破裂，否则大都没有症状，或者只有一点下腹不适、腹胀等。一般而言，如果大于8公分，而且观察一两个月都不缩小或消失，可用腹腔镜手术摘除之，如果发生扭转或破裂，只要生命迹象稳定，仍可使用腹腔镜处理，否则开腹手术也相当简单。
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