【荷尔蒙补充疗法与乳癌】受女性荷尔蒙影响较久的得癌率越高，乳癌与卵巢荷尔蒙有很深的关系，月经次数越多得乳癌的危险性越高。动情激素(雌激素)会使乳腺细胞分裂活泼化，为了制造母乳而促进乳腺的分泌，因此乳腺细胞反覆地分裂越多，细胞起异变的机会亦相对的增多了。年轻女性如果摘除了两边的卵巢，其得乳癌的机率与他人相较只剩1/100而已，这足以证明女性荷尔蒙与乳癌之关系。
【荷尔蒙补充疗法与子宫内膜癌】大部份子宫内膜癌都发生于停经后。对于停经后补充荷尔蒙，必须考虑使用者是否保有子宫。综合文献报告：保有子宫的妇女，不使用荷尔蒙补充治疗其危险因子为1，如使用黄体素少于十天其危险因子为3.1，如使用黄体素超过十天危险因子为1.3。因此，对保有子宫的妇女，单独给予雌激素治疗会刺激子宫内膜增生，并导致子宫内膜癌。但如加上黄体素治疗，不论是持续性或周期性给予(10天以上)黄体素，会减少子宫内膜增生和子宫内膜癌。对于患有子宫内膜癌的妇女而言，当治疗达到完全缓解，合并雌激素与黄体素的荷尔蒙补充疗法对早期(第一、二期)子宫内膜癌并非禁忌症。一些回顾分析使用荷尔蒙补充治疗者其复发为2%，不使用者为12%。但是仍需要大规模前瞻性的研究，来证实荷尔蒙补充疗法对有子宫内膜癌病史妇女的安全性。
【荷尔蒙补充疗法与子宫颈癌】目前并无证据显示荷尔蒙补充疗法会增加子宫颈癌，有一个对照研究显示：荷尔蒙补充疗法的使用者，其罹患子宫颈癌的相对危险性为1.5。根据美国国家卫生研究院(nih)对子宫颈癌治疗之共识，子宫颈癌治疗痊愈后补充荷尔蒙并无其禁忌。子宫颈癌以放射线治疗，当治疗达到完全缓解，如给予荷尔蒙补充，一定要合并黄体素及雌激素。给予荷尔蒙治疗可减少放射线治疗对直肠、膀胱及阴道所引起之长期并发症，发生并发症的发生率不用者与使用者为45%比17%。
【荷尔蒙补充疗法与卵巢癌 】许多流行病学的报告都有研究荷尔蒙补充疗法与卵巢癌的关联，但并无发现其明确关联性。其中四个欧洲的研究显示，荷尔蒙补充疗法与卵巢癌有相关性，曾使用荷尔蒙补充疗法的妇女，罹患卵巢癌的危险性为1.71。美国最新的研究也显示使用超过十年以上，危险性稍微增加，每一万人的发生率从4.4人增加为6.5人。另外一个综合分析的建议是：荷尔蒙补充疗法会增加侵入性类上皮细胞卵巢癌，(epithelial ovarian cancer)的发生率，其相对危险性1.15。加入黄体素治疗可能降低危险性至0.5至0.6。得对过卵巢癌的妇女而言，使用单一之雌激素对其无病存活率并无不良影响。
综论而言，荷尔蒙补充疗法对更年期妇女，确有其利益，但也具危险性，谘询专业医师，针对个别妇女给予评估，在决定是否需要荷尔蒙补充治疗，以及何种治疗方式最恰当。至于以上所述癌症，经治疗后，能有二年以上的缓解才给予荷尔蒙补充，则较为安全。
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