四月十九日上午国大选举总统，十二时四十五分开票结果，到会者二七三四人，蒋介石以二四三○票当选为中华民国第一任大总统。蒋在当天的日记记载：「国大主席周锺岳与洪秘书长在厉称奉主席团命来报，闻之不胜惶恐。好在居觉生（按：居正）亦得二六九票，私心窃慰，盖恐无人顾其选票，幸事先已有部署耳。」
国大接着在四月廿三日举行副总统选举，据《李宗仁回忆录》描述：「这是国民党当政以来第一次民主选举，何人当选，无人敢作决定性的预测。因此全国各界，乃至外国新闻人员对此都密切注视，南京、上海一带尤其议论纷纷。」蒋介石自亦极表关切，特别回到寓所在收音机旁听取国大唱票，据其日记记叙：「对于孙、于、程、李各票之声浪，喜闻忧乐皆现急迫之情绪，心神忐忑，无以复加」。选举结果李宗仁七五五票居第一，孙科以五五九票居次，程潜五二二票第三，于右任第四，得四百余票，莫德惠第五，徐傅霖殿后，各得两百余票。
副总统初选结果揭晓后，蒋「心神更为不安」，午眠未能合目，稍憩即起。当天他在日记检讨败因：「此次青年团票尽投程潜，以致于落选最为失算。至今劝程让孙，则以东北与西北代表对孙反感关系多不愿选孙，故程无让意，殊为痛心。而青年团票领导者贺衷寒又与李有乡谊，故对选孙之令消极不负责任，更觉悲伤。廿三时就寝，服安眠药竟不能酣眠也。」
到了这个时候，蒋不免懊悔未听党内「从缓行宪」的建议，「在此匪乱民困、人心动荡、社会不安之时，尤其是本党竞选副总统之党员不守党的纪律，既早已明了，即不应召集如此三千人之国民大会也。」
由于无人达到法定当选票数，四月廿四日国大举行第二次投票，结果李宗仁得票增加到一一六三票，孙科九四五票，程潜六一六票。据《李宗仁回忆录》形容：「竞选至此已达最高潮，各地人民对之均感莫大的兴趣。电台不断的广播，报纸则发行号外，俨然是胜利以后最热闹的一件大事。」
此时南京发生《救国日报》遭支持孙科的粤籍代表捣毁案，李宗仁方面认为这是党中央打击异己的不法手段，批评当局不断动用党部、政府机关、宪兵、警察以及情治单位，对国大代表威胁利诱，于是决定采取「以退为进」策略，由黄绍竑致电张群，告以如蒋先生继续助孙，李宗仁将放弃竞选。李、黄的盘算是，李如退出，孙、程为表示清白，亦必相继退出，如此一来选举便流产了。蒋既不能坐视选举流产，就必须放手让选举正常进行，则李宗仁胜算就大。
四月廿五日，李宗仁果然就以选举不民主，幕后压力太大为由，声明退出竞选。消息一出，全国舆论大哗。同时桂系代表又使出议事手段，到会而不签名，并在会场鼓噪抗议，迫使主席团宣布休会一天。蒋介石紧急召集干部并约孙科来商办法，嘱孙亦发表放弃竞选声明，使李平气，以挽回危机。
稍后，程潜也跟进退选。下午蒋又召集常会商讨，对李、程、孙三人放弃竞选决视为无效，并派常委六人从中协商。由于情势混乱已极，蒋为求迅谋解决，于是决定「逆来顺受」推李宗仁为副总统，并提名孙科为党的副总裁，以为平衡。
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