特工的锄奸刺杀行动不同于炮火连天的正面战场上的拼死搏杀，很多都是面对面进行的，所用的手段也多为近距离枪击，刀劈、斧剁等，场面血腥(如刺杀傅筱庵，1940年10月12日重庆《大公报》的报道，傅被砍三刀"一在眼部，一在下颏，一在颈部，尤以颈部伤势最重，头颅几将割断")，更何况刺杀的对象有的是以前的同事、朋友，行动队员承受着极大的心理压力。而玩弄"以华制华"伎俩的日本人却躲在幕后遥控指挥。沦陷区军统特工人员纷纷要求在制裁汉奸的同时，诛杀日本人。首先军统上海区制定了一个方案：以身着军服的日本人为格杀对象，无论军阶高低，职务大小，无须申报，得手就当场干掉，执行地点以日占区及其势力范围之内为限。该方案于1940年上报戴笠并得到批准。
1940年9月底，惩戒日寇行动开始。素有"九省通衢"美誉的武汉，自1938年10月沦陷以后，因其贯通东西南北优越的交通地理位置，一直是日寇重点控制地区之一。1940年底，军统武汉区特工根据戴笠指示，把行动重点转向对日寇的刺杀。武汉区军统特工充分发挥自身的优势，在选择好目标后进行周密的准备计划。1940年12月16日，行动二队策划对驻蔡甸日军警备队的袭击，14日副队长即派3名行动队员潜伏在警备队附近的昶记油坊，16日凌晨，伪装成商人的队员李崧荪及随行两名队员进入蔡甸街口后，将3名强行检查的日寇哨兵击毙，随即会合潜伏队员向日寇警备队队部投掷手榴弹，炸死日寇官兵8名，行动队员全身而退。16日晚，行动1队赵云卿率队员何忠炳、雷玉卿潜入武昌八铺街日本宪兵队驻地，待日寇熄灯休息后，向寝室投掷手榴弹，日寇仓皇逃出时，遭到隐蔽于暗处的赵云卿扫射，共击毙日寇8名，队员全身撤出。1941年1月21日，汉口花楼街，行动2队队员用刀砍死日军少佐田梅次郎。2月18日，汉口得胜街，该队杀死3名在随军妓院"鹤鸣庄"寻欢作乐的日寇军官。3月2日，该队李化民等3人化装成小贩，混入汉口中山路新市场，向正在行进的日军小队投弹，毙敌17名。2月25日晚，行动1队阎英才率5名队员突袭汉口三星街日寇宪兵队，毙敌7名。4月16日，该队在汉阳显正街击毙日寇特务机关植树岩藏中佐。 1941年4月19日，该队打入汉口王家墩机场的队员王经国掩护队员李青明进入机场，烧毁油库一座，炸毁轰炸机2架。
组织遭受严重破坏的军统上海区，自1940年9月到太平洋战争爆发前，仍行动50余次，击毙击伤日军60人以上。军统上海区第3行动大队第4组组长李亮经过缜密跟踪侦查，于1941年6月17日由副组长叶东山率李德昌、周振芳、俞森林、杨景文将公共租界警务处副总监赤木亲之击毙于愚园路。在日本军人经常出入的场所，上海军统特工进行了多次爆炸活动。
1939年8月11日，军统广州站发展了在驻广州白云山日军海军陆战队第115联队近田部队作厨役的李昌德，将准备好的毒药掺入饭菜，使日寇官兵数十人中毒，19人毙命，李昌德还趁乱将硝酸倒入机枪枪管，随后逃出敌营。1941年9月17日，军统广州站为纪念9.18事变10周年，在多个地点，对日寇军事机关和伪组织机关进行爆破，撤离至海珠中路时，第3组组长江志强路遇日本宪兵队，当日寇走近身边时，江志强将剩余炸弹引爆，与5名日本宪兵同归于尽。
开封沦陷后，潜伏的军统特工根据戴笠的指示，于1940年5月7日，河南站行动1组与打入日寇内部的特工李宪斌里应外合，袭击位于开封山货店街的日本特务机关，击毙日特机关长及川贞作、山本午、开封日本宪兵队分队长上村四郎，击伤日本陆军特务机关长万田。12月19日，行动组在开封社下基79号，击毙主持日本特务机关的日军多田部队参谋长兼伪河南绥署总顾问、陆军大佐皆川雅雄。
1940年11月，军统北平区行动组组长麻克，击毙日本"兴亚院"派遣到北平视察的特使高月保中佐、乘兼悦郎中佐。后麻克因房东出卖，被捕牺牲。
沦陷区军统特工格杀日寇的行动，虽然没有正面战场那种轰轰烈烈，但他们在严酷的斗争环境里，满怀对中华民族的热爱，对日本侵略者的仇恨，不顾个人安危，奋勇杀敌，他们用自己的勇气和鲜血，书写了中华民族抗战史上光辉灿烂的一页。
