长期使用杀菌力强的药物牙膏，不仅会使口腔中的致病菌产生抗药性，而且在抑制、杀灭致病菌的同时，也会抑制、杀灭口腔中的正常菌群，使口腔中的"生态平衡"遭到破坏，引起新的口腔疾病和新的感染。另外，有些药物牙膏中含有生物碱和刺激性强的物质，长期使用，不但损害口腔内娇嫩的粘膜，还会因长期不断的刺激，使牙龈、口腔、舌头等处发炎而引起牙龈炎、口腔炎、舌炎等;有过敏性喘咳的人会因药物牙膏的刺激性异味而发生喘咳和肠胃不适，有些药物牙膏还含染色素，长期使用会污染牙面，使牙齿失去光泽，影响牙齿美观。
此外，使用药物牙膏刷牙，部分药物可能会进入肠道。试验表明，有些药物牙膏对大肠杆菌有较强的抑制作用，而肠道中的大肠杆菌，能合成维生素B、K等，进入肠道中的药物牙膏，抑制大肠杆菌的生长，使肠道中的大肠杆菌数量减少，则可能引起人体的维生素B、K等缺乏。
各种药物牙膏是针对口腔疾病而生产的，它有很强的适应症，如选用不当，则会产生一定的副作用。因此，健康人最好选用普通牙膏，以达到清洁口腔为目的。
如果口腔、牙齿没有疾病或病变不严重，可选用较高级的传统普通牙膏，不必使用药物牙膏。普通牙膏中大都含有冰片、丁香油、薄荷脑、留兰香、百里香酚等防治口腔疾病的良药，且普通牙膏香味浓郁，清凉爽口，无不良反应。药物牙膏则不同，大都有较强的适应症，选用不当，会产生副作用。即使口腔生病，药物牙膏也只是作为轻病人的辅助治疗。任何病人口腔有病，特别是口腔重病人来说，都应及早就医，诊断治疗。
一般来说，普通牙膏已具有一定的消炎杀菌作用，只要刷牙方法正确，就能达到清洁牙齿和口腔保健的作用。如果已发生严重的牙齿龋洞、牙周炎、牙髓炎等疾病，应到医院口腔科治疗，不要把希望寄托在药物牙膏上。
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